Für den Angriff wurde der Brasilianer Marcelo Fernandes verpflichtet, der in den Vorbereitungsspielen regelmäßig getroffen hatte. Zudem holte man Christoph Saurer (SC Wr. Neustadt), Simon Piesinger (BW Linz) und Christian Schilling (GAK). Von den Amateuren rückte Andreas Kuen zum Profikader auf. Neben Inaki Bea-Jauregi (Kickers Pforzheim) verließen auch Muhammed Ildiz (Rapid Wien) und Georg Harding (LASK) den FC Wacker.

Der Start in die Meisterschaft war schwach. Niederlagen gegen Rapid, Admira Wacker und Ried, dabei nur einen einzigen Treffer erzielt. Beim 1:2 am Tivoli gegen Admira traf Marcel Schreter. Im Heimspiel gegen Mattersburg gab es die ersten Punkte. Nach einem 0:1-Rückstand gelingt Fernandes mit seinem ersten Tor in der Bundesliga der Ausgleich. Wernitznig erzielt in der Nachspielzeit das 2:1. Es folgte eine bittere Heimniederlage gegen Wiener Neustadt mit 2:3. Der Auftakt für eine Niederlagenserie. Als Verstärkung wird Roman Wallner verpflichtet, Trainer Walter Kogler weiterhin das Vertrauen ausgesprochen. Niederlagen gegen Red Bull Salzburg, Sturm Graz, Wolfsberg, Rapid und Admira führen in der Folge aber doch zur Ablöse von Trainer Walter Kogler.

Unter dem neuen Trainer Roland Kirchler siegt der FC Wacker Innsbruck gegen Ried durch einen Treffer von Schreter mit 1:0. Mit einem 2:1-Sieg bei Mattersburg und einem 1:0 bei Wiener Neustadt konnte man den letzten Platz in der Tabelle an die Niederösterreicher abgeben.Die Spiele daheim gegen die Wiener Austria und in Salzburg gehen aber verloren. Beim Heimspiel gegen Sturm Graz fühlt sich das Schiedsrichterteam nicht mehr sicher und das Spiel wird abgebrochen und mit 0:3 strafverifiziert. Wacker Innsbruck rutschte wieder auf den letzten Tabellenrang zurück. Einem 2:2 gegen Wolfsberg folgte eine 1:2-Niederlage bei Rapid. Vor der Winterpause gelang aber mit einem 3:1 gegen Admira Wacker doch noch ein Sieg.

In der Winterpause wurde der Leihvertrag von Fernandes aufgelöst, Lukas Hinterseer wurde von der Vienna zurückgeholt und auch Sebastian Siller kehrte via Grödig zu den Schwarz-Grünen zurück.
Der Frühjahrsauftakt gegen Ried geht mit 0:3 verloren. Siege gegen Mattersburg und Wiener Neustadt bringen Wacker kurzzeitig auf den achten Tabellenplatz, die besten Platzierung in der bisherigen Saison. Eine klare Auswärtsniederlage bei Austria Wien und zwei 2:3-Niederlagen im Heimspiel gegen Red Bull Salzburg und bei Sturm Graz bringen den Innsbruckern aber wieder die „Rote Laterne“ ein. Es folgten ein weiteres 2:3 gegen Wolfsberg und ein 1:1 gegen Rapid, sowie ein 3:4 gegen Admira Wacker. Man erzielte zwar im Frühjahr weit mehr Tore als im Herbst, leider fing man sich aber teilweise durch stümperhafte Abwehrfehler noch mehr Tore ein.

In der 30. Runde keimte wieder Hoffnung auf. 2:0 gegen Ried und auch in Mattersburg konnte man mit 2:1 gewinnen und den letzten Platz wieder verlassen. Gegen Wiener Neustadt trennte man sich mit einem 2:2. Im Heimspiel gegen Austria Wien konnte man das Spiel lange offen halten ehe man in der Schlussphase einbrach und sich noch drei Treffer einfing. Das unabhängige Schiedsgericht erteilte Wacker Innsbruck dann doch die Lizenz, nun musste man den Klassenerhalt aber erst noch sportlich schaffen.

Im Westderby gegen Salzburg war nichts zu holen, aber Sturm Graz wurde im letzten Heimspiel der Saison nach einem 0:1-Rückstand durch Tore von Hinterseer und Wernitznig doch noch bezwungen. Zum Saisonschluss gastierte Wacker Innsbruck beim Wolfsberger AC und musste wohl gewinnen um im Fernduell mit Wiener Neustadt und Mattersburg den Klassenerhalt noch zu schaffen. Knapp vor dem Pausenpfiff und auch kurz danach fingen sich die Innsbrucker Gegentreffer ein – 0:2 Rückstand. In der 72. Minute kann Perstaller verkürzen und drei Minuten später erzielte Schilling nach einem Freistoß das 2:2. Nur 180 Sekunden später war es erneut Perstaller der mit einem Distanzschuß von der Strafraumgrenze das 3:2 für Wacker Innsbruck erzielen konnte. Wacker Innsbruck gelang somit noch der Sprung auf den achten Tabellenrang.