Die Verträge der Brasilianer Fabiano und Mossoro wurden nicht verlängert. Neu verpflichtet wurden der slowenische Stürmer Miran Burgic sowie der Tscheche Tomas Abraham und der Spanier Inaki Bea für die Defensive. Nachwuchstalent Momo Ildiz wurde von Rapid Wien ausgeliehen. Markus Unterrainer kehrte zu Kufstein zurück, Gstrein wechselte nach Wattens und Obernosterer zog es nach Deutschland zu Energie Cottbus.

Gleich im ersten Spiel gelang es dem Aufsteiger Rapid Wien mit 4:0 zu besiegen. Gegen die Grün-Weißen hat man seit dem Konkurs des FC Tirol nicht mehr gewonnen. Es folgte ein 2:2 gegen Sturm Graz und vier weitere „zu-Null“-Siege, darunter ein 3:0 in Wien gegen die Austria. Wacker Innsbruck lachte von der Tabellenspitze.
Dann kam eine Doppelrunde gegen Wiener Neustadt. Im ersten Spiel erreichte man noch ein 0:0, das Rückspiel in Wr. Neustadt ging mit 0:1 verloren. Ausgerechnet Ex-Wacker-Spieler Aigner erzielte den Siegestreffer. Noch konnte die Tabellenspitze gehalten werden. Auch auswärts im Rückspiel gegen Rapid gelang mit 1:1 noch ein Punktegewinn.
Das Heimspiel gegen Salzburg ging mit 0:1 verloren und auch das gleich darauf folgende Nachtragsspiel in Salzburg endete mit einem 0:4-Debakel. Nach einer 0:2-Niederlage gegen Sturm Graz war man auf den vierten Tabellenplatz zurückgerutscht. Beim 2:1 daheim gegen Mattersburg und beim 0:0 in Linz gegen den LASK gab es Punkte, die restlichen Herbstspiele gingen verloren.
Nur in der vorgezogenen ersten Frühjahrsrunde gab es noch einen Teilerfolg: Ein 3:3 in Wien gegen Rapid. Wacker Innsbruck überwinterte als Tabellensiebenter.

Im Winter waren Koch (Austria) und Prokopic (Rapid) nicht zu halten. Andi Schrott wurde an Anif abgegeben. Dafür kam das Kärntner Talent Wernitznig, von Rapid kam Thomas Bergmann auf den Tivoli. Schließlich gelang es noch den Spanier Merino zu verpflichten. Er sollte die zentrale Mittelfeldposition übernehmen.

Im Frühjahr wollte man die kleine Chance auf einen Europacup-Startplatz nützen. Der Auftakt mit einem 1:1 gegen Salzburg einem 2:1-Sieg gegen Mattersburg und einem Auswärts-Remis in Ried war zumindest nicht schlecht. Es folgte eine 0:3-Niederlage am Tivoli gegen die Wiener Austria und ein torloses Unentschieden in Kapfenberg. Kaum hatte man etwas Boden auf den erhofften Europacupplatz gutgemacht, folgte auch schon wieder ein Rückschlag.
Weitere drei 1:0-Sieg und ein Unentschieden später war man wieder in Reichweite. Doch auch das Heimspiel gegen den zweiten Wiener Großklub ging verloren. Rapid siegte am Tivoli mit 3:0. Überraschend konnte man Red Bull Salzburg in der Bullen-Arena mit 3:2 besiegen. Dafür reichte es in Kapfenberg nur zu einem 1:1 und mit dem 1:2 in Mattersburg waren die Träume von einem internationalen Comeback endgültig ausgeträumt. Dazwischen sorgte auch die Lizenzverweigerung der I. Instanz für Aufregung. Mit Auflagen bekam man die Lizenz dann in der II. Instanz.
Nach einem Unentschieden in Ried, einem 0:1 bei der Wiener Austria und einem 1:0-Sieg am Tivoli gegen den LASK, ging die Saison mit dem Auswärtsspiel in Graz zu Ende. Sturm gewann 2:1.

Wacker Innsbruck konnte auf eine sehr abwechslungsreiche, durchwachsene Spielzeit zurückblicken. Durch die Siegesserie am Meisterschaftsbeginn war man schnell aller Abstiegssorgen entledigt doch dann hatte man sich mehr erwartet. Trotzdem: Für einen Aufsteiger musste man mit dem sechsten Platz zufrieden sein.