Im Sommer nur wenig nennenswerte Bewegung am Transfermarkt, für wirklich namhafte Verstärkungen war kein Geld da. Als Libero wurde Martin Svejnoha aus Brno verpflichtet, von Rapid kam Georg Harding, dazu kamen einige Talente aus der 2er Mannschaft. Sammy Koejoe konnte sich in Innsbruck nicht mehr durchsetzen und wechselte zu Dunajska Streda, zudem verließen vom Stammkader Schmid (Kapfenberg) und Gsellmann (Horn) den FC Wacker Innsbruck. 

Mossoro verletzte sich in der Vorbereitung und fiel den ganzen Herbst aus. Der Saisonauftakt gegen die Red Bull Juniors wurde mit 2:1 gewonnen. Weitere Siege bei Hartberg und zu Hause gegen Austria Lustenau (5:0) brachten die kurzfristige Tabellenführung, die jedoch beim 1:4 in Altach wieder verloren ging. In Runde 6 die neuerliche Führung in der Tabelle nach einem 2:0-Heimsieg gegen die Austria Amateure und einem 0:0 gegen Gratkorn, die aber nach zwei 0:1-Niederlagen bei St.Pölten und gegen Admira auch schon wieder weg war. Vor dem 0:0 gegen Gratkorn wurde die Verpflichtung von Alexander Hauser bekannt gegeben.
Es folgten Siege bei FC Lustenau, bei Vienna, dazwischen ein 7:0 am Tivoli gegen den FC Dornbirn, Auswärtsremis bei Red Bull Juniors und Austria Lustenau, 6:0-Heimsieg gegen Hartberg.
Das Schlagerspiel um die Tabellenführung gegen den SC Altach wird durch Tore von Perstaller und Schreter mit 2:1 gewonnen. Mit Auswärtssiegen bei den Austria Amateuren (5:0) und bei Gratkorn 3:0, sowie einem Unentschieden zu Hause gegen St.Pölten beendet Wacker als Tabellenführer die Herbstsaison.

Wacker Innsbruck zur Winterpause Tabellenführer, inzwischen schon zehn Spiele ohne Niederlage, dazu einige Kantersiege. Sportlich auf dem richtigen Weg und auch abseits des Feldes werden die Weichen gestellt.  Johannes Marsoner übergibt das Amt des Obmanns an Kaspar Plattner.
Im Kader keine Veränderungen, außer den Zugang eines weiteren jungen Spielers von Rapid, Boris Prokopic.

Frühjahrsauftakt in der Südstadt, Wacker Innsbruck erreicht bei Konkurrent Admira ein 0:0, das Heimspiel gegen den FC Lustenau geht jedoch nach enttäuschender Leistung mit 1:2 verloren. Tabellenführung verloren, Rückfall auf Platz 4. Als man schon befürchtet dass das schon das Ende von den Titelträumen sein könnte sorgten zwei 3:0-Siege beim FC Dornbirn und gegen die Vienna wieder für Hoffnung. Ein weiterer Sieg gegen Gratkorn, gefolgt von einer 0:3-Niederlage bei Altach. Doch auch die Konkurrenz patzte.
Ein Tor in letzter Minute vom jungen Hinterseer sicherte einen glücklichen 1:0-Sieg gegen den FC Lustenau, auch das Heimspiel gegen Admira wurde mit 1:0 gewonnen. Plötzlich hatte Wacker Innsbruck 4 Punkte Vorsprung auf seine Verfolger.
Doch schon in der nächsten Runde war es nur mehr ein Punkt, die Innsbrucker unterlagen bei der Austria mit 1:2. Zu Hause zwar ein Sieg gegen St.Pölten (2:1), aber bei Austria Lustenau nur ein 2:2 (2x Prokopic). Während nach einer halben Stunde Martin Svejnoha verletzungsbedingt ausscheiden musste (Kreuzbandriss) sah der zweifache Torschütze Prokopic eine Viertelstunde vor Schluss „Gelb-Rot“. Altach hingegen fuhr sowohl in St.Pölten als auch daheim gegen die Lustenauer Austria 2:0-Sieg ein und auch beim FC Dornbirn wurde klar mit 4:0 gewonnen. Damit war die Tabellenführung, vier Runden vor Ende der Meisterschaft, wieder in Vorarlberg. Erster Altach, einen Punkt vor Wacker und drei Punkte vor der Admira.

Drückende Überlegenheit sowohl vom FC Wacker gegen Dornbirn, als auch der Altacher gegen die Vienna. Beide Partien stehen zur Pause 0:0. Gleich nach Seitenwechsel bringt Perstaller die Innsbrucker in Führung, eine Viertelstunde vor Schluss entscheidet der kurz zuvor eingewechselte Unterrainer mit dem 2:0 die Partie. Die Vienna hält in Altach das 0:0. Wieder Vorteil Wacker. Aber auch die Admira hält schritt, mit zwei Punkten Rückstand auf der dritten Stelle. Drittletzte Runde, Wacker siegt etwas glücklich bei der Vienna 1:0, Torschütze Perstaller, der aber später verletzt ausscheiden muss und somit im Meisterschaftsfinish fehlen wird. Altach verliert mit einem 1:1 bei Hartberg an Terrain, aber die Admira fegt in Dornbirn mit 8:1 über die Vorarlberger hinweg.

Vorletzte Runde, Admira und Altach führen zur Pause, in Innsbruck steht es vor 8.700 Zuschauern gegen Hartberg nur 0:0. 2.Halbzeit, gleich vom Anstoß weg trifft Koch nur die Querlatte. Wacker mit Feldüberlegenheit, Hartberg im Konter immer gefährlich. 68.Minute Marcel Schreter erzielt das erlösende 1:0 für den FC Wacker Innsbruck. Kurz danach ein Fallrückzieher von Fabiano knapp daneben, Hauser trifft wieder nur die Stange. Alle drei Titelkandidaten siegen, somit ist die Entscheidung auf die letzte Runde vertagt, wobei Altach mit drei Punkten Rückstand und der klar schlechteren Tordifferenz wohl aus dem Rennen ist, die Innsbrucker führen mit zwei Punkten vor der Admira, die Südstädter haben die bessere Tordifferenz.

Letzte Runde, während Admira in Hartberg schnell alles klar macht und letztlich einen sicheren Sieg einfährt, plagt sich Wacker in Pasching gegen die Red Bull Juniors, übernimmt aber mit Fortdauer des Spiels das Kommando, aber ein Tor will einfach nicht gelingen. 77.Minute das erlösende 1:0 für Wacker Innsbruck durch Marcel Schreter per Kopf nach Flanke von Fabian Koch. Die rund 4.000 mitgereisten Innsbrucker Fans jubeln. 85.Minute die endgültige Entscheidung, wieder war es Marcel Schreter!
Der FC Wacker Innsbruck steigt nach zwei Jahren Zweitklassigkeit wieder in die Bundesliga auf.