Trainer Helmut Kraft verließ Wacker, er hatte schon einen Vertag mit dem FC Magna Wiener Neustadt, ihm folgte auch Vaclav Kolousek, Feldhofer und Hölzl wechselten zu Sturm Graz, Matthias Hattenberger zur Wiener Austria, wohin auch Michael Madl zurückkehrte und auch der Rest der Mannschaft flüchtete. Übrig blieben die Torhüter Nr.2 und 3, Grünwald und Schumacher, Schrott, Schreter, Samwald und Seelaus.
Als neuer Trainer kam Ex-FC Tirol-Spieler Walter Kogler, der zuletzt DSV Leoben coachte. Auch Bülent Bilgen der aus der Türkei zurückkehrte, hatte Tirol-Vergangenheit. Dazu kamen der Kufsteiner Goalgetter Markus Unterrainer, Thomas Schrammel Rapid-Leihgabe, zuletzt beim FC Lustenau engagiert, Ulrich Winkler (FC Kärnten), Rene Gsellmann (FC Gratkorn), Manuel Schmid (SC Altach), sowie eine Reihe junger Spieler, zum Teil Rückkehrer wie Dakovic und Perstaller (SV Hall) und Publikumsliebling Sammy Koejoe, der in der vergangenen Saison beim FSV Frankfurt engagiert war.

Eine Woche vor Meisterschaftsbeginn setzte es im letzten Testspiel gegen die SpVgg Unterhaching einen Dämpfer, 0:4 und das auch noch verdient gegen den deutschen Drittligisten.
Der Auftakt in der Meisterschaft gelang jedoch nach Maß: 3:0-Auswärtssieg beim großen Titelfavoriten FC Magna Wiener Neustadt durch Tore von Perstaller, Koejoe und Seelaus. Auch das folgende Heimspiel am Tivoli wurde gegen die Austria Wien Amateure 3:0 gewonnen. Wacker konnte sich von Beginn an die Tabellenspitze setzen.
Auch im dritten Spiel in St.Pölten führten die Innsbrucker bereits mit 3:0, aber die aufopfernd kämpfenden Niederösterreich konnten aufholen und in der Schlussminute fiel der Ausgleich. Siegen gegen Grödig, bei Austria Lustenau und Admira und dem Heim-Remis gegen die Red Bull Juniors folgte die erste Niederlage. Am Kunstrasenplatz in Gratkorn fixierten zwei Tore von Dominic Hassler die 0:2-Niederlage.

Doch es war nur ein kurzer Dämpfer, am Tivoli gegen Leoben konnte Wacker einen frühen Rückstand in einen 4:1-Sieg verwandeln. Auswärtspunkt beim FC Lustenau, Heimsieg gegen Vöcklabruck, sowie ein 1:1 gegen Wiener Neustadt folgten. Mittlerweile wurde Theo Grüner als neuer Sportkoordinator vorgestellt und Markus Anfang bis zum Saisonende verpflichtet, er sollte das Mittelfeld verstärken und die verletzungsbedingten Ausfälle von Fabiano und Obernosterer kompensieren.
Es folgte das Auswärtsspiel in Wien bei den Austria Amateure, Sammy Koejoe brachte Wacker in Führung, aber Abwehrfehler und Schwächen bei Standardsituationen führten zu einer 1:4-Niederlage und dem Verlust der Tabellenführung.
Niederlagen gegen St.Pölten, bei Grödig und zu Hause gegen Austria Lustenau, Unentschieden bei den Red Bull Juniors und gegen Admira, bereits bei winterlichen Bedingungen. Wacker Innsbruck ist inzwischen auf den 4.Platz zurückgefallen. Zum Saisonabschluss noch ein Sieg gegen Gratkorn.

Im Winter kam eine weitere Verstärkung von Rapid, Semsudin Mehic und der Brasilianer Mossoro wurde verpflichtet, während man den Vertrag von Markus Anfang, von ihm hatte man sich mehr erhofft. Samwald wechselte zu Vöcklabruck, auch der Vertrag mit Seelaus wurde aufgelöst.
Während Mossoro in der Vorbereitung mit einem Hattrick beim 5:0 gegen CS Otopeni aufzeigte, fiel Markus Unterrainer mit Zehenbruch vier Wochen aus.

Der Frühjahrsauftakt bei Leoben fiel dem Wetter zum Opfer. Am Tivoli, neun Tage später, klappte es, 3:0-Sieg gegen den FC Lustenau, danach fehlte auch Perstaller, er hatte in diesem Spiel einen Kapselriss zugezogen. 1:0-Sieg bei Vöcklabruck, das Gold-Tor erzielte der eingewechselte Löffler, dabei verletzte sich Thomas Schrammel, die Personaldecke wurde immer dünner. Mossoro-Doppelpack beim 3:0 gegen St.Pölten, danach ein hart erkämpfter 2:1-Sieg in Leoben. Remis bei Austria Lustenau. Rekordbesuch am Tivoli mit 7.500 Zuschauern, Schlagerspiel gegen FC Magna. Wacker führte zur Pause mit 1:0, Eigentor Johana, doch in der zweiten Halbzeit drehten die Gäste das Spiel – 1:3.
Es folgten Siege gegen Gratkorn und bei den Austria Wien Amateuren, aber mit der 0:1-Heimniederlage gegen die Red Bull Juniors endete die Hoffnung doch noch in die Bundesliga aufzusteigen. Auch beim FC Lustenau nur ein Unentschieden. Siege gegen Vöcklabruck, bei Grödig, gegen Admira und in Leoben brachten Wacker Innsbruck aber noch auf den zweiten Platz.

Vizemeistertitel, aber doch sieben Punkte Rückstand auf Meister Magna Wiener Neustadt.