Mit neuem Trainer, der Däne Lars Söndergaard folgte Straka, ging man in die neue Saison. Einige Änderungen auch am Spielersektor, Spielmacher Jerzy Brzeczek musste den Verein verlassen, auch der enttäuschende Jiri Masek sollte noch abgegeben werden, schließlich fand man einen Verein in der Türkei, Alex Gruber ging in die Reichenau, Planer nach Kufstein und auch für Emidio Wellingten fand sich ein Verein: Der Aufsteiger in die zweite Liga, der SV Bad Aussee. Neben Talenten aus Wattens wurde vor allem Pascal Grünwald zurückgeholt, Thomas Eder kam aus Ried und der ungarische Stürmer Peter Orosz von den Red Bull Juniors. Schließlich kam auch noch - wieder - ein Südamerikaner, Guillermo Imhoff, er sollte die Innenverteidigung stärken.

Der SV Pasching übersiedelte nach Klagenfurt und spielte der fortan als "FK Austria Kärnten" während die Paschinger wieder in der Unterliga begonnen haben. Die Innsbrucker traten am 1. Juli 2007 in Schwaz gegen Dynamo Kiew erstmals als "FC Wacker Innsbruck" in Erscheinung, das Spiel war eigentlich nebensächlich und ging mit 0:1 verloren, auch das zweite internationale Testspiel gegen Spartak Moskau endete mit einem 0:2.

Auch mit neuem Namen und neuem Wappen startete Wacker wie die letzte Saison geendet hatte, eine Niederlage, bei Rapid Wien, 1:3, die aber durchaus nach dem Spielverlauf als sehr knapp und unglücklich bezeichnet werden konnte. Es folgen Unentschieden gegen Sturm Graz und Mattersburg, jeweils am Tivoli. Auch gegen die erwarteten Konkurrenten im Abstiegskampf konnte nicht voll gepunktet werden. In Altach setzte es ein 1:2 und zu Hause gegen Austria Kärnten gelang nur ein 1:1.
Mit einem 1:6-Debakel bei Austria Wien prolongierten die Innsbrucker endgültig ihre Negativserie gefolgt von Niederlagen zu Hause gegen den LASK, bei Red Bull Salzburg und wiederum am Tivoli gegen den SV Ried. Auswärts in Ried erreichte man dann doch wieder einmal einen Punkt – 0:0, ehe es am Tivoli ein doch beachtliches 1:1 gegen Rapid Wien gab. Zwischenzeitlich gelang die leihweise Verpflichtung von Michael Madl, der junge Spieler von Austria Wien sollte in Tirol Erfahrung sammeln und die Lücke die der enttäuschende Imhoff hinterließ schließen.

Weitere Niederlagen (bei Sturm Graz, in Mattersburg und bei Austria Kärnten) zementierten Wacker aber auf dem letzten Platz ein – Abstand mittlerweile bereits 6 Punkte. Nach der Niederlage in Klagenfurt wurde mit Helmut Kraft ein Sportdirektor installierte, der gleichzeitig auch Lars Söndergaard vorübergehend als Trainer ablöste, ein neue Trainer musste erst gefunden werden, eine erste Absage kam von Manfred Linzmaier.
Das als Schicksalsspiel hochstilisierte Nachtragsspiel gegen den Abstiegskonkurrenten aus Altach ging nach überlegen geführter erster Halbzeit, aber ohne Torerfolg, mit 0:1 verloren. Die Nerven lagen blank, kam doch als nächster Gegner Tabellenführer Austria Wien nach Innsbruck. Mit der Rückkehr von Kapitän Matthias Hattenberger schien jedoch auch wieder etwas mehr Ordnung in das Spiel der Innsbrucker zurückzukehren. Wacker war die tonangebende Mannschaft und ging verdient durch ein Tor von Peter Orosz in Führung. Mit der Führung im Rücken spielte Wacker souverän und ließ kaum Chancen der Wiener zu. In der zweiten Halbzeit ein Foul von Goalie Safar an den rechts durchbrechenden Hölzl und der Schiedsrichter gab Elfmeter. Peter Orosz schoss ausgesprochen schwach und unplatziert, aber unter dem Körper des verdutzten Austria-Tormannes kollerte der Ball ins Netz. Wacker siegte verdient mit 2:0 und schöpfte wieder Hoffnung den Rückstand auf Altach und Austria Kärnten noch gutzumachen.

In der Winterpause wurde Wacker am Transfermarkt aktiv so wurden mit Arthur Clottey und Alfred Arthur aus Ghana, sowie dem Schweden Matthias Lindström drei Legionäre verpflichtet. Als Überraschungscoup knapp vor Transferschluss konnte man das österreichische Talent Besian Idrizaj vom FC Liverpool ausleihen.

Zum Auftakt gegen Tabellenführer Sturm Graz kam aber nur Lindström von Beginn an zum Einsatz. Wacker tat sich auf dem gefrorenen Rasen etwas leichter als die Grazer. Idrizaj kam Mitte der zweiten Halbzeit, musste aber nach einem Zusammenbruch ohne Feindeinwirkung nach rund zehn Minuten das Feld wieder verlassen. Der vielgeschmähte Torsten Knabel köpfelte nach einem Eckball in der 86.Minute zum verdienten Siegestreffer für Wacker ein – 1:0.
Es folgten Niederlagen in Mattersburg, gegen Austria Wien und - trotz gutem Spiel - in Salzburg. Auch das Heimspiel gegen die Salzburger ging verloren.
Gegen den unmittelbaren Konkurrenten im Abstiegskampf, Altach nur eine 1:1 zu Hause, da Austria Kärnten überraschend gegen die Wiener Austria gewann, war Wacker Innsbruck wieder Tabllenletzter. Ein tolles Spiel lieferte Wacker in Linz gegen den LASK, ein 1:3 aufgeholt, Madl erzielte in der 93.Minute den Ausgleich. Aber auch gegen Austria Kärnten nur ein 0:0, gerade gegen die direkten Gegner um den letzten Platz sollte man  doch gewinnen, wenn man den Abstieg noch vermeiden möchte.
1:4 bei Rapid Wien, ein letzten Aufbäumen mit einem 1:0-Sieg gegen Ried, 0:2 bei Sturm Graz und als Höhepunkt, das Spiel der "letzten Chance" ein 0:5-Debakel am Tivoli gegen Mattersburg - der Abstieg stand nun endgültig fest.
Das letzte Spiel wurde ebenfalls verloren, Wacker lieferte aber noch einen halbwegs versöhnlichen Abgang, gegen die von Didi Constantini betreuten Austrianer, die noch um den UEFA-Cup-Startplatz spielten gingen die Innsbrucker durch Kolousek sogar 1:0 in Führung, erst in den Schlussminuten stellten die Violetten die Weichen auf Sieg - 1:2.

Nach vier Saisonen Bundesliga musste Wacker wieder in die 2.Liga zurück. Viele Spieler hatten schon im Verlauf des Frühjahrs ihr Kopf bei neuen Vereinen und ließen den letzten Einsatz vermissen. Es sollte kein Stein auf dem anderen bleiben.