Zwei Innsbrucker Ikonen waren in der neuen Saison nicht mehr dabei: Robert Wazinger und Alfred Hörtnagl. Andreas Schrott wechselte zum GAK. Mit Ferdinand Feldhofer konnte Wacker jedoch einen aktuellen österr. Teamspieler verpflichten. Einiges erwartete man sich auch vom Tschechen Milan Pacanda, sowie von Filip Tapalovic (zuletzt beim VfL Bochum). Alexander Gruber und Matthias Hattenberger kam aus Wörgl zu den Innsbruckern.

Zum Auftakt gab es ein torloses Remis gegen Aufsteiger SV Ried. Nach einem 0:3 am Tivoli gegen Rapid Wien, gab es auch gegen Sturm in Graz kein Tor – 0:0. Der ersten Saisonsieg gegen Admira Wacker, Aganun war der Goldtorschütze. Aber es folgten wieder vier sieglose Runden. Remis gegen Pasching, Austria Wien und beim GAK, bei einer Niederlage bei Red Bull Salzburg.
Die Doppelrunde gegen den Mattersburg konnten die Innsbrucker für sich entscheiden. Nach einem 4:2 am Tivoli, gab es in Mattersburg ein 0:0. Es folgten ein mageres 1:1 gegen Ried am Innsbrucker Tivoli und drei Niederlagen bei Rapid Wien, gegen Sturm Graz und in der Südstadt gegen Admira Wacker. Wacker steckte mitten im Abstiegskampf.

Mit einem 3:2 in Pasching läutete Wacker die Trendwende ein. Es folgte der Schlager am Tivoli gegen Red Bull Salzburg vor einer Rekordkulisse in dieser Saison von 13.200 Zuschauern. Die Tiroler zeigten keinen Respekt und in der 23.Minute brachte Dennis Mimm den Ball zum freistehenden Hattenberger, dessen Ball sauste noch abgefälscht unhaltbar ins Netz. In der 38.Minute erneut Jubel im Tivoli, Marcel Schreter bringt einen Freistoß von der rechten Seite perfekt in den Salzburger Strafraum und Feldhofer hechtete den Ball zum 2:0 in die Maschen. Kurz nach Wiederbeginn Alarm im Strafraum, Aganun war elferreif von den Beinen geholt worden, aber der SR drückte beide Augen zu. In der 64.Minute fiel die endgültige Entscheidung zugunsten Wackers. Schreter schloss eine sehenswerte Kombination über Hölzl und Brzeczek zum 3:0 ab. Mit diesem wichtigen Sieg gegen den Tabellenführer hatte sich Wacker wieder an das Tabellenmittelfeldherangetastet.
Im Zuge dieser Euphorie holte Wacker auch in Wien einen Punkt – 0:0 bei der Austria. Es folgten zwei Niederlagen am Tivoli gegen den GAK und beim SV Ried. Der Schlager am Tivoli gegen Rapid endete torlos, dafür  explodierte beim 3:2-Sieg in Graz gegen Sturm endlich Milan Pacanda – alle drei Tore! Mit einem 4:0 gegen Admira Wacker verabschiedete man sich in die Winterpause.

Im Winter verließen Wacker zwei Spieler aus der seinerzeitigen Regionalliga-Mannschaft. Schroll wechselte nach Wattens, Mader nach Altach. Für die Frühjahrssaison war noch alles offen. Siebenter Platz mit nur wenig Rückstand auf Platz 3, aber auch nicht allzu weit weg vom Abstiegsplatz. Eine Verstärkung der Offensivkraft erhoffte man sich durch die Verpflichtung des Tschechen Vaclav Kolousek

Der Auftakt gegen Tabellenführer Austria Wien misslang. Die Veilchen kamen zu einem ungefährdeten 2:0-Sieg. Auch gegen Salzburg musste man mit 2:5 die Überlegenheit der Mozartstädter akzeptieren. Jeweils 1:0-Siege gegen Pasching und den GAK, sowie ein 2:0 und 2:2 gegen Mattersburg brachten Wacker wieder in eine aussichtsreiche Tabellenposition, man hatte sich wieder auf Rang 7 vorgekämpft. Aber es folgte eine unerwartete Negativserie mit insgesamt 5 Niederlagen, zwei Unentschieden, unterbrochen nur durch einen Sieg gegen Red Bull Salzburg.
Aber der Reihe nach: Wieder konnte Wacker den Aufsteiger aus Ried nicht bezwingen – bitteres 0:1 am Tivoli. Eher normal war da schon die Niederlage im Hanappi-Stadion bei Rapid Wien einzuordnen – 1:2. Total verunsichert schlitterte man auch in Graz gegen Sturm in eine klare 2:4-Niederlage, klarer als es das Ergebnis vermuten lässt.
Dann kam das „Schicksalsspiel“ in der Südstadt gegen Admira Wacker. Admira ging 1:0 in Führung. Nino Bule verwertete eine Flanke von links. Wacker hatte in der Folge Glück das es nicht schon 0:2 stand. Pavlovic stand im Mittelpunkt des Geschehens. In den letzten Minuten bäumte sich Wacker noch einmal auf. Als die Partie schon zu Ende schien gelang Hannes Eder in der 93.Minute der Ausgleich. Unglaublicher Jubel am Spielfeld bei den Innsbrucker Spielern. Was dann folgte war ein Fall für den Strafsenat. Admira-Spieler und Betreuer gingen auf Innsbruck`s Spieler los, letztlich gab es empfindliche Strafen für Admira-Wacker, aber auch Zeljko Pavlovic bekam eine Sperre aufgebrummt, für ihn musste in den restlichen Spielen Harald Planer ins Tor.  

Mit einem 1:1 in Pasching gelang der Klassenerhalt. Es folgte das Westderby gegen Salzburg. Wieder waren knapp 10.000 Besucher auf den Tivoli gekommen. Die Tiroler versuchten aus einer gesicherten Abwehr die Salzburger in den Griff zu bekommen. In der 45.Minute war es dann soweit. Nach Zuspiel von Kolousek traf Brezczek zum 1:0. Nach Seitenwechsel übernahmen die Salzburger die Initiative und Aufhauser gelang der Ausgleich. In dieser Phase kamen die Tiroler überhaupt nicht ins Spiel und in der 59.Minute war es erneut Aufhauser, der mit seinem zweiten Treffer die Salzburger in Führung brachte. Ab da spielte Wacker auf einmal herzerfrischenden Offensivfußball. In der 72.Minute kam den Tirolern auch das Glück zu Hilfe. Salzburg-Goalie Alex Manninger verursachte einen völlig unnötigen Eckball und boxte sich diesen dann auch noch ins eigene Tor – 2:2. Das Publikum peitschte Wacker nach vorne. Und als Dennis Mimm in der 92.Spielminute per Kopf den Ball zum Siegestreffer für Wacker im Salzburger Tor versenkte brachen alle Dämme. 10.000 Tiroler feierten noch Minuten nach dem Abpfiff die eigene Mannschaft.

In der vorletzten Runde spielte man eine gute Partie gegen Austria Wien im Horrstadion, aber die Violetten brachten mit einem 2:1 den Meistertitel ins Trockene. Das letzte Spiel im Innsbrucker Tivoli ging mit 1:3 verloren und Wacker rutschte auf den 9.Tabellenplatz ab. Es war auch das Abschiedspiel von Trainer Stani Cherchesov, der zu Spartak Moskau wechselt.
Der neunte Platz war letztendlich doch eine Enttäuschung, wollte man sich doch nach der Winterpause eher nach vorne orientieren und spekulierte sogar mit Platz 4 oder 5.