Die Vorbereitungszeit auf den Wiedereinstieg in die oberste Spielklasse, wurde von Wolfgang Leitenstorfer wieder optimal geplant. Die Ergebnisse (Niederlagen u.a. gegen Wörgl, LASK, Unterhaching und Sparta Prag) standen nicht im Vordergrund, vielmehr wieder Konditionsarbeit, die der Mannschaft wie in der Vergangenheit wieder die Basis für die Saison geben soll. Nach und nach wurden die neuen Ned Zelic, Goalie Zjelko Pavlovic und Heimkehrer Jerzy Brzeczek ins Team eingebaut. Abgegeben wurden Stary, Bischofer, Güclü und Ramsbacher, Andi Hölzl wurde mittels Kooperationsvertrag an den SV Wörgl verliehen.

Zum Start in die Bundesliga empfing der FC Wacker Tirol vor 11.000 Zuschauern gleich den Meister: GAK. Lange Zeit stand die abwechslungsreiche Partie 0:0 ehe Sammy Koejoe eine Kopfvorlage von Mimm ebenfalls per Kopf im Tor versenkte. Wacker hatte sein erstes Spiel in der Bundesliga gewonnen und das gleich gegen den Meister!
Wacker spielte mit: Pavlovic; Schroll, Zelic, Schrott, Grüner, Windisch, Brzeczek (67. Mader), Hörtnagl, Mimm (74. Mühlbauer), Koejoe, Aigner (82. Eder);

Bei Rapid Wien setzte es die erwartete Niederlage – 1:4, aber mit Unentschieden bei Austria Salzburg, gegen SW Bregenz und bei Austria Wien, sowie einem 2:1 gegen Sturm Graz, sammelte Wacker eifrig Punkte und konnte sich im Mittelfeld etablieren. Nach einem Viertel der Meisterschaft konnte Wacker, nach Siegen gegen Pasching Admira Mödling sogar auf den sensationellen dritten Tabellenrang vorrücken. Das Mittelfeld war allerdings dicht beisammen und zudem folgte eine Niederlagenserie: in acht Spielen konnte nur im Westderby gegen Austria Salzburg mit 3:1 gewonnen werden, die restlichen Spiele gingen allesamt verloren – auch gegen das klare Schlusslicht aus Bregenz (2:3).
Die Vereinsführung reagierte und holte interimistisch Stani Cherchesov den Kufstein-Trainer statt Helmut Kraft. Der Trainereffekt trat auch wirklich ein und der Mattersburg wurde mit 5:1 aus dem Tivoli geschossen. Im zweiten Spiel hatte Stani weniger Glück. Die zweimalige Führung von Pasching konnte Koejoe jeweils ausgleichen, gegen den dritten Treffer in der 91.Minute gab es dann kein Mittel mehr – 2:3. Nach einem 4:0-Sieg gegen Admira und Unentschieden bei Sturm Graz und am Tivoli gegen Rapid überwinterte Wacker auf einem guten Mittelfeldplatz.
Wacker konnte sich auch mit dem FC Kufstein einigen und Stani blieb somit in Innsbruck.

Im Frühjahr folgten vier weitere Remis bei Austria Salzburg, gegen den GAK, bei Mattersburg und gegen Pasching. Acht Runden blieb Wacker somit ungeschlagen. Dann folgten zwei Niederlagen gegen die Austria (0:1, 0:3) und eine 0:1 Niederlage in der Südstadt bei Admira/Wacker. Auffallend war die Abschlussschwäche der Innsbrucker in den letzten sieben Runden gab es nur drei Tore. Der im Winter als Ersatz für Koejoe geholte Benny Akwuegbu blieb fast alles schuldig und verlor im Verlauf des Frühjahrs seinen Platz an Aganun.
Bei Sturm Graz gab es mit 2:0 endlich wieder einen Sieg, gegen Rapid eine etwas unglückliche 1:2-Niederlage. Mit dem 3:0 gegen Absteiger SW Bregenz konnte Wacker jedoch den sechsten Platz festigen. Beim letzten Heimspiel in der vorletzten Runde verabschiedete Wacker seine zwei Ikonen der letzten Jahre: Alfred Hörtnagl und Robert Wazinger. Wacker konnten nach einem 0:1-Rückstand noch auf 2:1 stellen und verabschiedete sich vor eigenem Anhang mit einem vollem Erfolg.