Nach sechs Jahren im Amateurlager kehrt der FC Wacker Innsbruck als Nachfolgeverein des FC Swarovski wieder in den Profifußball zurück. Die bisherige Kampfmannschaft wird als Amateurteam in der Regionalliga West-Tirol weiterspielen. Viele Spieler der Amateure wechselten in die Unter-21-Mannschaft.
Einige Stammspieler verließen den Verein, wie Pacult, dem man zu spät einen akzeptablen Vertrag vorlegte, Peischl, Ablinger, Posch und Hassler. Neu waren Danek, Been, Lesiak, Spielmann kehrte nach langer Zeit nach Innsbruck zurück. Der Neubeginn betraf auch die sportliche Leitung: Prof. Branko Elsner kehrte zum 4.Mal nach Innsbruck zurück, und übernahm mit Schani Skocik die Tiroler.

Durch ein 4:0 gegen Sturm Graz lag Wacker nach der 1.Runde an der Spitze. Dann lief es aber nicht nach Wunsch: Niederlage bei Stahl Linz, Remis bei Salzburg und in St.Pölten, Siege in Mödling und Linz, dazwischen Heimremis gegen Rapid. Erst durch ein 4:1 gegen Vorwärts Steyr, wobei Danek vier Tore erzielte, kam Wacker wieder an die Tabellenspitze. Es folgten Remis beim Sportklub und Sieg gegen Admira. Die Schlagerspiele gegen Austria Wien endeten mit einem 2:2 in Wien und einem 1:2 in Innsbruck.
Mit Siegen bei Sturm gegen Stahl Linz und Austria Salzburg schaffte es Wacker trotzdem noch einmal die Tabellenführung zu übernehmen und hielt diese trotz mittelmäßiger Ergebnisse (Remis in St. Pölten , 3:0 gegen den VfB Mödling, 2:4 Niederlage bei Rapid, Remis gegen den LASK, und in Steyr). Mit einem 6:0 gegen den Wiener Sportclub (4 Tore von Westerthaler) blieb Wacker Innsbruck weiterhin in Führung. Erst in der letzten Runde verlor man die Führung an Austria Salzburg durch ein 0:4-Debakel in der Südstadt.

Branko Elsner trat in der Winterpause aus gesundheitlichen Gründen zurück - er hatte sich auch noch dem gesamten Nachwuchs angenommen, an seiner Stelle übernahm Schani Skocik die Verantwortung. Hartmann verließ die Tiroler, Peischl kehrte zurück.

Nach der überraschend guten Herbstsaison schöpfte Wacker Hoffnungen, um den Meistertitel im Frühjahr mitspielen zu können. Ein 5:0 gegen den Wiener Sportclub, und ein Auswärtssieg in Steyr, nährte diese Hoffnungen zusätzlich. Doch in Folge gingen die entscheidenden Spiele verloren (0:2 bei Austria Wien, 0:2 gegen Austria Salzburg). Weitere Punkteverluste, jeweils 0:0 gegen VSE St.Pölten und bei Admira Wacker, brachten sogar den UEFA-Cup in Gefahr. Rapid Wien wurde sowohl am Tivoli mit 2:0 als auch im Hanappi-Stadion mit 3:2 geschlagen. Es sollte der letzte Sieg gegen Rapid für lange Zeit gewesen sein .........

Im Heimspiel gegen Steyr nur ein torloses Remis. Die Spiele gegen Austria Wien und beim Wiener Sportclub, sowie bei Austria Salzburg (0:5 !!!) gingen jedoch verloren. Mit einem 3:3 in St. Pölten gegen VSE wurde die Chance auf den UEFA-Cup-Startplatz noch aufrecht erhalten.
Das entscheidende Spiel am Tivoli gegen Admira Wacker wurde mit 2:4 verloren. Ein Punkte hätte Wacker Innsbruck bereits gereicht. Nun war der Cup die letzte Chance im nächsten Jahr international zu spielen. Walter Skocik wurde allerdings nach der verpassten UEFA-Cup Qualifikation entlassen. Im Cupfinale saßen Manager Werner Schwarz und Co-Trainer Fuad Djulic auf der Betreuerbank der Tiroler. Vaclav Danek wurde mit 24 Toren überlegen Torschützenkönig.

Im Cupfinale gegen Rapid Wien ging Wacker durch Lesiak 1:0 in Führung. Das Spiel stand auf sehr mäßigem Niveau. Knapp nach der Pause erhöhte Vaclav Danek auf 2:0. Dieses Tor weckte Rapid auf und Rapid kam zu einigen guten Chancen und erzielte in der 78.Minute das 2:1 durch Fjörtoft. Aus einem Eckball knapp vor Schluss gelang Wacker die Entscheidung: 3:1 durch einen Kopfball von Baur.