Die erste Meisterschaft nach dem 2. Weltkrieg wurde im Frühjahr 1946 abgehalten. Der FC Wacker Innsbruck konnte dafür noch keine Mannschaft stellen.
Im Sommer 1946 meldete der Verein für die Meisterschaft 1946/47. Der Verband teilte die Schwarz-Grünen jedoch nur in der B-Klasse ein, weshalb man beim Verein entschied dagegen Protest einzulegen. Der wurde aber abgewiesen.
 

So startete Wacker Innsbruck gegen den SV Silz in die Meisterschaft. Das Spiel endete mit einem enttäuschenden 3:3, dabei hatte man zehn Minuten vor dem Ende noch mit 3:1 geführt. Auch das zweite Spiel gegen Peter-Mayr-Sport endete 3:3.
Im weiteren Verlauf der Meisterschaft gelangen dem FC Wacker doch noch teils sehr überzeugende Siege gegen Telfs, Imst und Kematen. Lediglich das Spiel gegen den Eisenbahner Sportverein ging mit 0:2 verloren. Im abschließendem Spitzenspiel gegen die 1b-Mannschaft des ISK erreichte man ein torloses Unentschieden. In der Herbsttabelle lag der FC Wacker Innsbruck hinter ISK-1b und Imst an dritter Stelle.

In der Frühjahrsmeisterschaft 1947 startete der FC Wacker einen sehenswerten Lauf und konnte mit Siegen gegen Eisenbahn, Peter Mayr Sport, Kematen und Telfs die Tabellenführung in der B-Klasse Oberinntal übernehmen. Telfs legte jedoch gegen das 1:2 in Innsbruck Protest ein und der Verband setzte das Spiel neu an.
Mit Erfolgen gegen Silz und Imst sicherte sich Wacker Innsbruck den Meistertitel in der B-Klasse Oberinntal. Das bereits bedeutungslose Spiel gegen ISK-1b ging mit 1:4 verloren. Der SV Telfs trat zur Neuaustragung des Spiels nicht an und das Spiel wurde vom Verband mit 3:0 für den FC Wacker gewertet.