Marco Zwyssig kam vom Amateurklub Gossau 1996 zum FC St. Gallen. Im Jahr 2000 wurde er mit St.Gallen Schweizer Meister und im Sommer 2001 holte ihn der FC Tirol nach Innsbruck. Schon bei seinem Engagement gab es Schwierigkeiten, da das Geld lange Zeit nicht auf dem Konto der St.Gallener eintraf. Schließlich durfte Zwyssig aber doch für den FC Tirol spielen. Nachdem aber die Qualifikation zur Champions-League gegen Lok Moskau verpasst wurde und man in der Folge sich auch aus dem UEFA-Cup verabschieden musste wurde der Kader im Winter abgespeckt.
Marco Zwyssig übersiedelte nach Basel  und holte wurde mit dem FC Basel 2002 und 2004 nochmals Schweizer Meister.

Für die Schweiz bestritt er zwanzig Länderspiele und erzielte dabei auch ein Tor.