Seine Karriere begann Zongo in seinem Heimatland Burkina Faso bei Planète Champion Ouagadougou, ehe er im Sommer 2002 den Sprung über das Mittelmeer wagte und mit gerade einmal 18 Jahren bei der U19 des RSC Anderlecht unter Vertrag genommen wurde.
Nach einem kurzen Abstecher zur zweiten Mannschaft von Feyenoord Rotterdam landete er im Januar 2004 ablösefrei in Innsbruck. Beim FC Wacker machte er vor allem durch sein gutes Zweikampfverhalten aufmerksam, auch wenn er sich sportlich nicht immer durchsetzten konnte. Bereits einige Monate später wurde Zongo zum damaligen Erstligisten SV Wörgl verliehen, um dort Spielpraxis zu sammeln. Im Frühjahr 2005 kehrte er zu Wacker zurück.
Danach wechselte er zum maltesischen Erstligisten Msida St. Joseph FC. Dort blieb er bis 2007. Anschließend hatte er nur kurze Engagements in Portugal und Spanien. 2011 landete er wieder auf der Insel Malta beim FC La Valetta.