Ned Zelic spielte in seiner Jugend und auch später in den Kampfmannschaften diverser Vereine seiner Heimatstadt, durchbrochen nur durch einen Leihvertrag bei Canberra.
1992 wechselte er nach Deutschland zu Borussia Dortmund. Mit Dortmund wurde er 1995 Meister. Danach wechselte er nach London zu den Queens Park Rangers. Diese Zeit war nicht sehr erfolgreich und so kehrte er kurz danach schon wieder nach Deutschland, diesmal zu Eintracht Frankfurt, zurück. Nach einem zweijährigen Engagement beim französischen Erstligisten Auxerre kam er abermals nach Deutschland.
Diesmal unterschrieb er bei 1860 München. Diesmal blieb er für vier Jahre, dann landete der Wandervogel über die japanischen Vereine Kyoto und Urawa bei Wacker Tirol in Innsbruck.
Auch in Innsbruck hielt es Zelic nicht lange aus, noch vor Saisonende kehrte er nach Australien zurück und unterschrieb für Newcastle. Nach einem weiteren Kurzzeitengagement bei Helmond landete er bei Dynamo Tiflis in der Ukraine, wo er seine aktive Karriere beendete.
Für Australien absolvierte er 40 Teamspiele und erzielte dabei 5 Tore.