Peter Werner bekam mit 19 Jahren seinen ersten Profivertrag bei den Münchner Bayern. Der FC Bayern spielte damals noch in der Regionalliga Süd. 1966 schaffte er mit ihnen den Aufstieg in die Bundesliga. Es dauerte eine zeitlang bis er zum Einsatz kam. Bei seinem ersten Spiel erzielte er aber auch gleich ein Tor. In der nächsten Spielrunde erzielte er das Siegestor zum 1:0-Sieg über Schalke. Mit den Bayern holte er 1966 und 1967 den DFB-Pokal und im Jahr 1967 auch den Sieg im Europacup der Cupsieger. Im Finale wurde Glasgow Rangers mit 1:0 besiegt, Werner kam aber nicht zum Einsatz. Ein Jahr später schied er mit den Bayern im Halbfinale des Pokalsiegerbewerbes gegen den späteren Champion AC Milan aus.
Im Sommer 1968 wechselte er zu Kickers Offenbach, kam aber dort nur u drei Spielen. 1969 holte ihn Wacker Innsbruck nach Österreich. Mit den Schwarz-Grünen wurde er 1970 ÖFB-Pokal-Sieger sowie 1971 und 1972 Österreichischer Meister. Sein einziges Tor in einem Pflichtspiel für Wacker erzielte er beim 2:0-Auswärtssieg gegen Rapid im Frühjahr 1970. Er war auch beim legendären 1:0-Sieg der Innsbrucker bei Real Madrid mit dabei.
Im Sommer 1972 übersiedelte er nach Wien zu Rapid. Er wurde mit Rapid Vizemeister hinter Wacker Innsbruck und kam mit den Hütteldorfern bis ins Pokalfinale gegen Wacker Innsbruck. Auch im Cup behielt Wacker die Oberhand.