Helmut Weger wuchs in Kematen auf. 1984 kam er zur Unter 21 der SSW Innsbruck und in der Folge nach der Übernahme der Lizenz von Swarovski in den erweiterten Kader des Bundesligisten. Er spielte hauptsächlich in der Unter 21-Mannschaft, hatte aber auch Einsätze ein der Bundesliga. Es reichte aber nur zu drei Kurzeinsätzen in der Meisterschaft und einen ebenfalls nicht längeren im einem Pokalspiel.
Im Sommer 1988 wechselte er zum FC Kufstein und ein Jahr später zur WSG Wattens in die Regionalliga West wo er lange Jahre eine fixe Größe im Spiel des "kleinen Bruders" war.
Mit Wattens gelang 1989 der Aufstieg in die zweite Liga. Erst 1994 musste man wieder in die Westliga zurück.  Weger und Wattens schafften aber 1995 den sofortigen Wiederaufstieg. Im ÖFB-Cup kam Wattens 1988 bis ins Viertelfinale wo mit 3:4 am LASK scheiterte. Das Viertelfinale erreichte man auch noch 1993, diesmal war mit 1:4 gegen den Favoritner AC Endstation.
Am Ende seiner Karriere wechselte er zum SV Kematen in die Tiroler Liga.