Der Oberösterreicher kam im Sommer 1963 vom SK Enns nach Innsbruck. Mit Wartusch gelang 1963/64 der Aufstieg in die Staatsliga. Im ersten Spiel in Meidling gegen Wacker Wien erzielte er das zweite Tor zum 2:0-Sieg. Helmut Wartusch gehörte in den ersten Jahren zur Stammformation. Trainer Stastny verpasste im den Spitznamen "Japka", Apfel, wegen seiner roten Wangenbacken. Im Herbst 1966 verletzte er sich aber schwer und fiel den Rest der Saison aus. In den Frühjahrsvorbereitungsspielen wurde Wartusch als Defensivspieler eingesetzt. Dies klappte so gut, dass er die Saison Außendecker spielte und auf dieser Position hervorragende Spiele ablieferte.
Nach einigen Einsätzen im U23-Nationalteam kam er im Frühjahr 1967 auch zu zwei A-Team Einsätzen. Am 28.5.1967 in Wien beim 0:1 gegen England und auch am 10.6.1967 beim 4:3 gegen die UdSSR in der EM-Qualifikation war er als rechter Außendecker am Feld.

Im Sommer entschied er sich eine Pause einzulegen um sich seinem Studium zu widmen. Er musste sogar im damaligen Wacker-Kurier dazu Stellung nehmen, da in der Öffentlichkeit immer wieder Gerüchte kursierten es wären Unstimmigkeiten mit der Vereinsleitung daran schuld.
Im Zuge seines Studiums lieferte auch die Hausarbeit "Die historische Entwicklung und der gegenwärtige Stand des Fussballsportes in Tirol" ab, eine wichtige Arbeit die später auch zu den entscheidenden Hinweisen auf der Suche nach dem Gründungsjahr führen sollte.
Helmut Wartusch, mittlerweile Dr. Helmut Wartusch, versuchte sich in der Saison 1969/70 noch einmal beim deutschen Zweitligaklub Preußen Münster in der dortigen Regionalliga West, ehe er seine Karriere endgültig beendete.
Von 1977 bis 1982 war er Leiter der Trainerausbildung in Innsbruck. Im Juli 1982, vier Tage vor seinem 39.Geburtstag verunglückte Dr. Helmut Wartusch beim Wildwasserpaddeln im Tessin.