Mario Stieglmair kam über Eintracht und Union Wels 1992 zum FC Linz. Mit dem FC Linz schaffte er 1994 den Aufstieg in die Bundesliga, aber der Verein konnte sich nur ein Jahr halten und musste 1995 wieder in die Zweitklassigkeit zurück. Stieglmair wechselte zum Lokalrivalen LASK.
1997 wechselte er zum FC Tirol. Mario hatte es aber schwer sich in der Mannschaft zu behaupten und viel dann zudem mit langwieriger Verletzung aus.
Im Sommer 1999 wechselte er zum Zweitligisten Vorwärts Steyr. Steyr war aber schon nach der Herbstsaison nicht mehr zu retten und im Winter ging er zum Ligakonkurrenten DSV Leoben. Mit Leoben wurde er Vizemeister der zweiten Liga und im Sommer unterschrieb er beim deutschen Regionalligaverein Jahn Regensburg. Leihweise wechselte er für eine Saison zurück nach Oberösterreich zum Bundesligisten SV Ried. Zurück in Regensburg wurde er 2003 mit Jahn Meister und stieg in die zweite deutsche Bundesliga auf.
Nach nur einem Jahr musste Regensburg aber wieder absteigen und Mario unterschrieb beim Zweitligisten Unterhaching. Nach einer schweren Verletzung musste er seine Karriere beenden.