Markus Seelaus wuchs bei den Innsbrucker Violetten auf. Vom IAC wechselte er dann in der Jugend sogar ein Jahr zu den Violetten aus Wien und kam über das BNZ im Jahr 2003 zu Wacker Tirol. In der ersten Bundesligasaison des Aufsteigers reichte es aber 2004/05 gerade mal zu zwei Kurzeinsätzen in der Meisterschaft und einer Halbzeit bei Cup-Aus bei den Rapid Amateuren.
Um Spielpraxis zu erhalten wurde Seelaus zu Zweitligist Wörgl verliehen und später zum Kooperationspartner Wattens. In der Saison 2007/08 kehrte er zu Wacker Innsbruck zurück. Mit Wacker Innsbruck musste er 2008 den bitteren Weg in die Zweitklassigkeit antreten. In der Stammformation konnte er sich nicht behaupten und so spielte er nur mehr die Herbstsaison in der "Erste Liga" und wechselte dann nach Wattens.
Trainer Kurt Garger holte in im Sommer 2009 in die Slowakei zu Dunajska Streda, wo er bis 2010 tätig war. Im Jahr 2011 kehrte er nach Innsbruck zur SVg Reichenau zurück.