Zu den vielen Kärntnern die den schwarz-grünen Dress überstreiften gehört auch Günther Seebacher. Im Zuge des Wiederaufstieges der SSW Innsbruck in die Bundesliga kam er im Tausch statt Günther Gollautschnig von Austria Klagenfurt nach Tirol. Eigentlich eher zufällig, Gollautschnig war sich mit der Klagenfurter Austria schon einig, es fehlte aber das Geld und so kam es schließlich zum Tausch Gollautschnig gegen Seebacher. Der Einstand des Verteidigers war sensationell. In einem Testspiel vor der Meisterschaft schoss er Rapid Wien mit zwei Kopfballtoren fast im Alleingang k.o. Das Spiel endete 3:2 für die Innsbrucker.

Seebacher verlieh der Innsbrucker Verteidigung den nötigen Halt und der Tiroler Aufsteiger sicherte sich in einem breiten Feld an Abstiegskandidaten den Klassenerhalt. Im Herbstdurchgang 1981 war er der Spieler mit den meisten Einsatzminuten bei der SSW Innsbruck. Bei Wacker Innsbruck kam Seebacher zu 45 Bundesligaspielen und 9 Cupspielen, bei einem Meisterschaftstor.
Dieses Tor fiel in einem denkwürdigen Spiel. Am 21. November 1981 besiegte Wacker Innsbruck Sturm Graz mit 5:0, neben Seebacher und Gröss scorte dreimal Manfred Braschler. Denkwürdig wurde Spiel aber erst danach, es kam erstmals auf das der in Imst aufgewachsene Braschler gar kein Österreicher war sondern Schweizer. Da er aber auch im ÖFB-Nachwuchsteam zum Einsatz kam wurde das Spiel - trotz Protest - schließlich entsprechend dem Spielergebnis für Wacker beglaubigt.

1983 wechselte Seebacher wieder zurück zur Klagenfurter Austria wo er noch bis 1991 aktiv war, anschließend war er ein Jahr in Bad Bleiberg tätig um dann für von 1992 bis 1998 zum ASK Klagenfurt zu wechseln. Bis zum Karrierausklang war er noch bei SV Donau Klagenfurt (1998-2000), Viktoria Viktring (2000-03) und dem KAC aktiv.