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Werner Schwarz begann seine Karriere bei ESV Austria Innsbruck. Dort wurde die Wiener Austria auf das Tiroler Talent aufmerksam und sicherte sich seine Dienste. Von 1972 bis 1974 spielte der bei den Wiener Violetten.
1974 wechselte er nach Innsbruck und wurde mit den Schwarz-Grünen je zweimal Meister und Pokalsieger. Zwei Siege im Mitropacup und einige erfolgreiche Europacupschlachten, wie das 3:0 gegen Celtic Glasgow oder ein 3:1 gegen Borussia Mönchengladbach waren weitere Meilensteine in der Karriere von Werner Schwarz. 
Den Innsbruckern blieb er auch nach dem Abstieg 1979 treu  und feierte 1981 den Wiederaufstieg in die erste Bundesliga. 1983 beendete Schwarz seine Karriere. Nach der Entlassung des holländischen Trainers Cor Brom sprang er – damals Sportdirektor der Innsbrucker - 1985 kurzzeitig als Trainer ein. Werner Schwarz hatte in seiner aktiven Zeit einige schwere Verletzungen zu verkraften trotzdem kam er auf immerhin 179 Erstligaspiele für den Innsbrucker Bundesligaverein.

Jeweils zwei österreichische Meistertitel, Pokalsiege und Mitropacuptitel stehen auf seiner erfolgreichen Bilanz. Eine Bilanz die seine beiden Söhne Philipp und Florian – beide kamen auch in Innsbruck zu Erstligaeinsätzen – nicht erreichen konnten. 
Nach einigen Tätigkeiten im Tiroler Unterhaus, folgte Schwarz dem Ruf von Fritz Schwab und trainierte von 1989 bis 1992 die Wacker Amateure, die er bis zur Tiroler Liga führte. Nach der Übernahme des Bundesligavereins vom FC Swarovski war er kurzfristig Sportdirektor. In der Saison 1995/96 übernahm er dann noch einmal das Traineramt beim FC Wacker und qualifizierte sich mit den „Amateuren“ für die Westliga.