Manfred Schwabl begann bei seinem Heimatverein Holzkirchen mit dem Fußballspiel. 1977 wechselte er zum Nachwuchs der Münchner Bayern. Bei den Bayern wurde er 1984 Profi kam aber bei dem Weltklub nur zu insgesamt sieben Bundesligaspielen. Mit Bayern wurde er 1985 und 1986 deutscher Meister, zudem holten die Bayern sich 1986 den DFB-Pokal.
Im Sommer 1986 wechselte er zum 1.FC Nürnberg, wo er auch sein erstes Tor als Profi erzielte. In seine Nürnberger Zeit fiel auch sein erstes Spiel mit der deutschen Nationalmannschaft. In Hamburg wurde Dänemark mit 1:0 bezwungen. Weitere drei Länderspiele folgte.
1989 kehrte er zum FC Bayern zurück. Diesmal schaffte es Manfred Schwabl in den engeren Kader und spielte bis 1992 für die Bayern 80 Bundesligaspiele und erzielte 4 Tore. Mit den Bayern wurde er 1990 nochmals Meister.
Im Winter 92/93 wechselte er wieder zurück zum 1.FC Nürnberg. 1994 musste der Club absteigen und der FC Tirol angelte sich den Star und holte ihn an den Inn. Präsident Klaus Mair wollte mit Trainer Hans Krankl in Innsbruck ein Star-Team aufbauen. Aber schon bald platzte die Seifenblase und Klaus Mair wurde wegen dubioser Machenschaften und Veruntreuung in Haft genommen. Nach nur 7 Spielen verließ Schwabl bereits das sinkende Schiff.
Er kehrte nach München zurück zum TSV 1860. Der Lokalrivale der Bayern war im Sommer erst aufgestiegen. Einige Saisonen spielte Schwabl noch für die Münchner Löwen und beendete dann seine Karriere. Zwangsweise, da er eine Abschlussfeier boykottierte wurde er vom TSV 1860 entlassen.