Markus Scharrer begann im Nachwuchs von Vösendorf als Außendecker mit dem Fußballspiel. Bei einem Freundschaftspiel der Vösendorfer gegen Rapid fiel er dem Vater von Andi Herzog auf, der ihn zu Rapid holte wo er in der U10 spielte. Trainer war damals Hans Krankl und Maxl holte mit den Nachwuchsmannschaften der Grün-Weißen jedes Jahr den Meistertitel.
Mit 16 Jahren begann er eine Lehre als Lackierer und musste Rapid verlassen, da es die Zeit nicht zuließ täglich von Vösendorf nach Hütteldorf zu pendeln. Bei Admira Wacker kam er ins BNZ und bald danach in den Kader der Kampfmannschaft. Unter Trainer Sigi Held kam er zu seinen ersten kurzen Einsätzen. Als dann Trainer Constantini das Traineramt übernahm schaffte er es zum Stammspieler der Südstädter. Nach vier Jahren wechselte er zum LASK, wo es aber sportlich nicht so lief wie erwartet und zudem setzte ihn eine Verletzung außer Gefecht.
Trotz seiner Verletzung wurde er im November 1996 von Klaus Roitinger zum SV Ried geholt. Mit den Riedern wurde er Pokalsieger und erzielte im Finale gegen Sturm Graz ein Tor, die beiden anderen Tore hat er aufgelegt.
Im Sommer 1998 wurde er vom FC Tirol verpflichtet, eigentlich war er seit Jahren immer im offensiven Mittelfeld tätig, aber da es plötzlich in Tirol an Stürmern mangelte, sollte und musste Markus Scharrer diese Position spielen. In dieser Rolle fühlte er sich nicht sehr wohl. Einen seiner wichtigsten Treffer für den FC Tirol erzielte er dabei im Spiel gegen Rapid Wien bei der Stadioneröffnung des neuen Tivoli, wo er in der 91.Minute den 1:0-Sieg der Innsbrucker fixierte. Bei den Tirolern zählte er bis zum Konkurs zum engern Kader und holte 3x hintereinander den österreichischen Meistertitel an den Inn.
Nach der Insolvenz des Vereins spielte er zuerst beim SV Wörgl , anschließend noch einige Zeit in Salzburg und schließlich kehrte er in seine Heimat nach Niederösterreich zurück.