Thomas Pfeiler begann seine Karriere bei der Wiener Austria, war sogar einmal Torschützenkönig in der U21-Meisterschaft und schaffte den Sprung in den Kader der Kampfmannschaft. Er wurde dreimal Meister und einmal Pokalsieger mit der Austria. Im Europacup kam er nur zu Kurzeinsätzen, 1979/80 beim 2:3 in Vejle und 1980/81 beim 0:0 in Wien gegen Aberdeen, beide Male schied Austria Wien schon in der ersten Runde aus. 1981/82 wurde er in der 2.Europacuprundegegen Dynamo Kiew sowohl beim 0:1 in Wien als auch beim 1:1 in Kiew eingewechselt.
Im starken und ausgeglichenen Kader der Austria zu verbleiben war nicht einfach. Um den großen Kader etwas abzubauen wurden viele Spieler verliehen. Einer dieser Spieler war auch Pfeiler, zuerst an den Wiener Sporklub, später an Simmering.
Über die Vienna kam Thomas Pfeiler schließlich im Winter 1984/85 nach Innsbruck. Sein einziges Tor gelang ihm beim 4:1 über Spittal/Drau, wohin er auch im Sommer 1985 wechselte. seine weiteren Station waren Vorwärts Steyr und GAK, ehe er dann wieder in seiner Wahlheimat Tirol, beim FC Kufstein landete.