Michi Peer entstammt aus der erfolgreichen Nachwuchs SPG Union/Wacker. Der Stamm dieser Mannschaft bildete im Sommer 1986 die neue Kampfmannschaft des FC Wacker Innsbruck, der abseits des FC Swarovski Tirol in der 2. Klasse Mitte neu beginnen musste. Nach einem Jahr wechselte Peer zurück zur Kampfmannschaft der Union MK. Ab 1990, zurück beim FC Wacker, war er in der Zeit bis 1993 der Goalgetter der Schwarz-Grünen und konnte seine Torjägerqualitäten in der Folge auch in der West- und Tiroler Liga bei namhaften  Vereinen unter Beweis stellen.
Im Zuge der Übernahme der Profimannschaft in der Saison 1992/93 kam Peer in die U21-Mannschaft und im Pokal im September 1992 beim 2:0-Sieg in Wörgl zu seinem einzigen Einsatz bei den Profis.
Beim Stand von 1:0 wurde er in der 62. Minute für Mario Been eingewechselt.