Pavlovic begann seine Karriere bei Sarajevo, wechselte dann für zwei Jahre zu Croatia Zagreb. Mit Croatia wurde er 1993 Meister. 1994 wechselte er zum etwas weniger bekannt NK Zagreb. 1996 holte ihn der FC Linz nach Österreich. Aufgrund der "Fusion" der Linzer kam er zum LASK. Mit dem LASK stand er 1999 im Pokalfinale, das nach einem 1:1 im Elfmeterschießen gegen Sturm Graz verloren ging.
2001 musste der LASK absteigen und Pavlovic ging nach Belgien zu Anderlecht, wo er aber zumeist nur auf der Bank Platz nehmen musste.
Im Sommer 2003 kehrte er nach Österreich zurück und spielte 2003 bei Austria Salzburg. Er sollte der Nachfolger des abgewanderten Safar werden, verlor aber das interne Duell gegen Arzberger und wurde bereits im Winter an den FC Kärnten abgegeben.
2004 holte ihn Aufsteiger Wacker nach Innsbruck. Bei den Innsbruckern blieb er bis zum Abstieg im Jahr 2008.