Milan spielte jahrlang für Zbrojovka Brno, wo er 1996 seinen ersten Profivertrag bekam. In Brno konnte er sich aber erst in der Saison 1997/98 wirklich durchsetzen. Eine schwere Knieverletzung zwang ihn zu einer lange Pause, aber Milan schaffte das Comeback. Im Sommer 2004 bekam er ein Angebot von Sparta Prag und mit den Hauptstädtern holte er 2004/05 den tschechischen Meistertitel.
Im Sommer 2005 holte ihn Trainer Cherchessov nach Innsbruck, verletzte sich aber gleich bei einem Vorbereitungsspiel, so dass er erst verspätet in die Meisterschaft einsteigen konnte. Seine Torjägerqualitäten konnte er aber sehr selten zeigen. So richtig schlug er erst im Frühjahr ein. Beim 3:2-Sieg auswärts bei Sturm Graz erzielte er alle drei Tore der Innsbrucker. Trotzdem war es zuwenig um die Kaufoption zu ziehen.
Milan musste zurück nach Prag. In Prag kam er aber nicht zum Einsatz so wechselte er zurück nach Brno. Der Höhepunkt seiner Karriere war aber bereits überschritten.