Foto: Haslwanter

Mario Mühlbauer spielte in seiner Jugend bei Union Babenberg und kam dann zu Zweitligist Vöest Linz. Mit den Linzern schaffte er 1991 den Aufstieg in die Bundesliga. Der nunmehrige FC Stahl Linz schaffte jedoch in den Play-Off-Spielen den Klassenerhalt nicht und musste zurück in die 2.Liga. Es war auch in den Folgejahren ein stets Wechseln zwischen de Erst- und Zweitklassigkeit. Als 1996 der FC Linz durch eine "Fusion" mit dem LASK verschwand, wechselte Mühlbauer zum aufstrebenden oberösterreichischen Unterligaklub ASKÖ Pasching.
Mit Pasching stieg Mühlbauer 1997 in die oberösterreichische Landesliga auf und marschierte durch bis in die Regionalliga Mitte. Im Jahr 2000 eliminierte Pasching im Viertelfinale des ÖFB-Cups den FC Tirol und scheiterte erst im Halbfinale an Sturm Graz. Der Durchmarsch ging weiter: 2001 Meister der Regionalliga Mitte, 2002 Meister und Aufstieg in die Bundesliga.
2003 wechselte Mario Mühlbauer zu Zweitligist Wacker Tirol, der nach Verstärkungen auf seinem Durchmarsch von der Westliga in die Bundesliga suchte. Mit Wacker Tirol gelang auf Anhieb der Meistertitel in der "Erste Liga" und Mühlbauer feierte sein Bundesliga-Comeback. Im Verlauf des Frühjahrs 2005 kam er aber immer weniger zum Einsatz und so übersiedelte er im Sommer zurück nach Oberösterreich zum LASK.
2008 kam er an seine Wirkungsstätte nach Pasching zurück. Dort hatte man nach der Übersiedlung des Ex-Vereins nach Kärnten, einen neuen Klub gegründet.