Seine Familie übersiedelte 1970 von Innsbruck nach Götzens wo er als 10jähriger mit dem Fußballspielen begann. Nach vier Jahren wurde er vom SV Innsbruck geholt und landete mit der Gründung der SPG Raika Innsbruck in der Alpenliga. Nach einer guten ersten Saison folgten Verletzungen und zwangen ihn zu einer einjährigen Unterbrechung. Nach seiner Gesundung bekam er vom damaligen Trainer Pfister keine Chance mehr sich in der Kampfmannschaft zu beweisen und ging für ein Jahr nach Jenbach.
Nachdem er in Jenbach eine gute Saison spielte, holte ihn die SPG Innsbruck wieder zurück. Die Innsbrucker spielten inzwischen in der 2.Divison. Nach der Auflösung der SPG im Jahre 1980 ging er gemeinsam mit Spielertrainer Rinker zu Rapid Lienz und schaffte mit den Osttirolern den Kärntner Landesmeister, der Aufstieg in die 2.Divison wurde in den Qualifikationsspielen jedoch knapp verfehlt. Löberbauer wurde aber trotzdem "Zweitklassig", da ihn die WSG Wattens in seine Tiroler Heimat zurückholte. Zwei Jahre spielten die Wattener in der 2.Divison, dann mussten sie aufgrund einer Ligareform zurück in die Regionalliga. Löberbauer blieb drei weitere Jahre und wurde 1986 und 1988 Vizemeister der Westliga.
Im Sommer 1988 kam er zu Swarovski Tirol, die Innsbrucker hatten ihn schon einige Jahre beobachtet, aber das Angebot des Bundesligavereins war nicht das was sich Werner Löberbauer vorstellte. Jetzt waren die Vorzeichen unter Ernst Happel besser und auch mit seinem Arbeitgeber konnte sich Löberbauer auf eine Unterbrechung einigen. Er spielte sich im Herbst 1988 in die Kampfmannschaft und erzielte dabei auch ein Tor beim 3:1 gegen Austria Wien. Im Frühjahr verlor er aber seinen Stammplatz und im Verlauf der Herbstmeisterschaft 1989 wechselte er zurück nach Wattens.