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Der gebürtige Tiroler kam 1980 ins Team der Innsbrucker, und schnupperte im Aufstiegsjahr 1980/81 einige Male in die Mannschaft. Trainer Wolny baute den knapp 20-jährigen behutsam ein. In der Saison 82/83 zählte er bereits zum Stamm der Innsbrucker. In der Folge übernahm er mit Andi Gretschnig die Spielmacherrolle.
Durch konstant gute Leistungen spielte er sich in den erweiterten Teamkader, und 1985 debütierte er auch in der österreichischen Nationalmannschaft. Er hatte auch mehrere Angebote ins Ausland zu wechseln. Im Sommer 1985 kam aber dann Hans Müller auf den Tivoli. Die gesamte Tiroler Mannschaft profitierte vom Engagement des Deutschen, und so blieb auch Manni bei den Innsbruckern. In den Spielen im UEFA-Cup 1986/87 war er aus der Innsbrucker Mannschaft nicht mehr wegzudenken.

In der Ära Happel bildete er mit Müller, Hörtnagl und Peischl das mit Abstand beste Mittelfeld in Österreich. In dieser Zeit kamen auch die ersten gro9en Erfolge für Manni Linzmaier. Meistertitel und Cupsieg 1989, und im Jahr darauf die erfolgreiche Titelverteidigung. Im Jahr 1989 konnte er sich mit dem Nationalteam für die Weltmeisterschaft in Italien qualifizieren. Sie sollte der internationale Höhepunkt seiner Karriere werden.
Aber auch beim blamabelsten Kapitel des Fußballs in Österreich, beim 0:1 gegen die Färöer war er mit am Platz. Seine Teamkarriere neigte sich schön langsam dem Ende zu, da der ÖFB wieder einen Neuaufbau plante, und der mittlerweile 28-jährige Linzmaier dafür als zu alt empfunden wurde. In der nationalen Meisterschaft verpasste er 2mal in Folge den Titel nur knapp. Als Abschluss seiner Karriere bei den Innsbruckern schaffte er in Jahr 1993 noch den Cupsieg im Happelstadion gegen Rapid Wien.

Im Jahr 1993/94 wechselte er zum LASK nach Linz, und blieb 2 Jahre bei den Oberösterreichern. Nach jeweils halbjährigen Gastspielen bei Vorwärts Steyr und beim FC Stahl Linz beendete er seine Oberösterreich-Tournee, und kehrte im Sommer 1996 für ein "Ehrenjahr" in seine Heimat nach Tirol zum Zweitligisten FC Kufstein zurück. Anschliessend beendete er beim SVI seine aktive Karriere.

Danach war Manni Linzmaier als Betreuer im Nachwuchsbereich beim FC Tirol tätig. Als Co wechselte er im Herbst 2001 mit Kurt Jara nach Hamburg. Er blieb Jara auch bei dessen Wechsel nach Kaiserslautern als Co-Trainer treu. Ab dem Frühjahr 2005 betreute Manni die Salzburger Austria, solange bis Kurt Jara im Sommer Cheftrainer des Red Bull Salzburg wurde. Manni wirkte wieder als Co-Trainer.