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Willy Linser spielte seit den frühen Zwanziger Jahren für den FC Wacker Innsbruck. Als die Fusion mit Rapid Innsbruck zum FC Sturm im Jahr 1923 zerbrach war er einer der treibenden Kräfte bei der Wiederbelebung des FC Wacker Innsbruck. Gemeinsam mit seinen Brüdern Erich, Georg, Hugo und Walter prägte er das Vereinsleben in der Zwischenkriegszeit.
Linser Willy war in den Zwanziger Jahren auch Mitglied der Tiroler Landesauswahl.

Neben seiner Spielertätigkeit war er vielfacher Funktionär in den verschiedensten Positionen, Vorstand, Obmann und später Präsident.  Mit Willy Linser als Präsident stieg der FC Wacker Innsbruck 1964 als erster Tiroler Verein in die Staatsliga auf.
Willy Linser wurde später zum Ehrenpräsidenten des FC Wacker Innsbruck ernannt.