Mattias Lindström wuchs beim schwedischen Ligaklub Helsingborg auf, wo er es bis in die Kampfmannschaft schaffte. 1999 holte er sich mit Helsingborg den Meistertitel. 2003 kam er zu seinen drei Länderspiel für Schweden die er alle im Rahmen des Kings-Cups bestritt.
Im Jahr 2004 verpflichtete ihn der dänische Spitzenklub Aalborg. Mit Aalborg erreichte er über den UEFA-Intertoto-Cup die Gruppenphase des UEFA-Cups. Hinter Getafe, Tottenham und Anderlecht blieb Helsingborg aber nur der vierte und letzte Gruppenplatz.
Im Winter 2007/08 war Bundesliga-Abstiegskandidat Wacker Innsbruck auf der Suche nach Verstärkungen auf Lindström gestoßen. Aber auch Lindström konnte den Abstiegs Wackers in die Zweitklassigkeit nicht verhindern. Nach dem Abstieg zog er weiter zum SV Mattersburg und kehrte 2009 nach Schweden zurück. Zuerst zu GAIS Göteborg landete er später wieder bei seinem Stammverein in Helsingborg.