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Thomas Lenninger begann seine Karriere im Nachwuchs des ISK und wechselte anschließend zum FC Wacker. Mit 17 Jahren kam er ins Leistungszentrum das damals in Schwaz beheimatet war. Von dort aus schaffte er den Sprung in den Kader der SSW Innsbruck, wo er im Unter-21-Team zu den großen Talenten der Schwarz-Grünen zählte. Seinen ersten Einsatz in der Bundesliga hatte er im Frühjahr 1985 beim 5:0-Sieg gegen Sturm Graz, er kam eine Viertelstunde vor Schluss für Andi Gretschnig aus das Feld. Die Saison danach rückte er in den Bundesligakader auf und spielte 19 Spiele für die SSW Innsbruck. Sportlicher Höhepunkt waren wohl die beiden Europacupspiele gegen den RFC Lüttich, die die Innsbrucker jedoch beide verloren.
Als die Truppe zur Werkself von Swarovski mutierte, war Thomas Lenninger verletzt (Kreuz- und Seitenbandriß und kam nach seiner Genesung nur mehr zu wenigen Einsätzen, zu groß war die angekaufte Konkurrenz im Team des FC Swarovski. Im Winter 1987/88 wechselte er zu Austria Klagenfurt. Mit den Kärntnern qualifizirte er sich für die 1.Division, wo er bis zur Winterpause noch zehn Bundesligaspiele absolvierte. Der Leihvertrag wurde nicht verlängert.
Nachdem bei den Tirolern kein Platz mehr im Kader war, ging er zum FC Kufstein um anschließend gemeinsam mit Robert Auer zum FC Wacker Innsbruck zu wechseln, der nach seinem Neustart in der 2.Klasse Mitte inzwischen in der Landesliga West spielte. 

Mit Lenninger und Auer gelang der Aufstieg in die Tiroler Liga und fast wäre es sich für Thomas und dem FC Wacker auch zum Tiroler Meister ausgegangen (Saison 1991/92), aber den schnappte der SV Wörgl den Innsbruckern weg. Wacker Innsbruck blieb er bis 1994 treu. Nach Unstimmigkeiten wechselte er zum Stadtrivalen SVg Reichenau, wo er gemeinsam mit Fritz Spielmann spielte und anschließend mit ihm als Trainer der Kampfmannschaft fungierte. Seit einigen Jahren betreut er alleinverantwortlich die Kampfmannschaft der Reichenauer.