Der Köflacher kam bereits mit 16 Jahren in die heimische Kampfmannschaft. Köflach war damals aus der Landesliga in die Unterliga abgestiegen, was Gernot Krinner entgegenkam, da es etwas leichter war sich in die Mannschaft zu integrieren. Er wird in der Unterliga Torschützenkönig und Anfragen von dem steirischen Spitzenklubs kamen, sein Trainer hat ihm aber abgeraten frühzeitig zu wechseln. Gernot bleibt und steigt mit Köflach in die Landesliga auf, wo er noch einige Jahre für seinen Heimatklub spielt. Überflüssig zu erwähnen, dass er auch in der Landesliga Torschützenkönig wird.
1985 wagte er dann den Sprung zum GAK. 1990 muss der GAK aus der Bundesliga absteigen und Gernot übersiedelt nach Steyr zum SK Vorwärts, wo er 5 Jahre Bundesliga spielt, kurzzeitig war er ein halbes Jahr an den FC Linz verliehen.
Im Winter 95/96 sucht Didi Constantini eine körperlich robusten Stürmer und holt Krinner zum FC Tirol. Drei Spiele brauchte er "Anlauf" im vierten klappt es beim 6:0-Auswärtserfolg in Ried erzielte er drei Tore. Bezeichnend in seiner Zeit in Tirol war, dass er mit Vorliebe gegen oberösterreichische Vereine getroffen hat. In derselben Saison zerlegte er seinen Ex-Klub Vorwärts Steyr beim 3:0, ebenfalls auswärts, mit einem neuerlichen Trippelpack fast im Alleingang. Von seinen 16 Toren erzielte er 13 gegen oberösterreichische Vereine.
Bald nach der Ablöse von Trainer Constantini verließ auch er den Verein und übersiedelte nach Wien zur Austria. Danach war er nur mehr im Amateurbereich aktiv.