Markus Kindl kam von seinem Heimatverein SV Neustift in das Leistungszentrum Tirol und von dort zum FC Swarovski. Beim FCS war er in der U21-Mannschaft eine fixe Größe und in der Saison 1990/91 kam er unter Trainer Ernst Happel auch zu zwei Einsätzen in der Bundesligamannschaft.
1991 wechselte er WSG Wattens in die zweite Liga und über den Regionalligisten Axams zum Ligarivalen FC Wacker Innsbruck, der abseits des FC Swarovski Tirol in der Regionalliga um den Aufstieg in die neue eingleisige Westliga kämpfte. Der Aufstieg gelang, aber Präsident Fritz Schwab verordnete Wacker ein Sparprogramm und so verließ Kindl, so wie viele andere auch, den schwarz-grünen Traditionsverein und wechselte nach Neustift und später zu Götzens.