Werner Höger kämpfte sich durch den Nachwuchs beim FC Wacker bis in die Kampfmannschaft, wo er aber nur zu einigen wenigen Einsätzen kam. Mit Wacker wurde er 1970 Pokalsieger und 1971 Meister. Nachdem der Kader durch die Spielgemeinschaft mit Wattens sich enorm vergrößerte übersiedelte er zu Rapid Lienz in die Regionalliga Mitte.