Der Sohn von Ove Flindt kam über Gistrup und Aalborg zum Karlsruher SC wo auch schon sein Vater kickte. Zuerst in der Amateurmannschaft, schaffte er den Sprung in den Kader der Bundesligatruppe der Karlsruher. Er kam dort aber nur zu einem einzigen Einsatz und wechselte 1995 in die Schweiz zum FC Lugano.
Im Sommer 1996 holte ihn der FC Tirol nach Innsbruck. Er konnte sich aber in der Mannschaft nicht entscheidend durchsetzen und so zog er schon ein Jahr später weiter zum norwegischen Spitzenklub Viking Stavanger. Dort blieb er zwei Saisonen und zog dann weiter zu Aufsteiger Odd Grenland.
2006 kehrte er nach Dänemark zu Viborg zurück und beendete dort seine Profikarriere.