Erkinger wurde in Graz geboren, spielte aber beim GAK und kam über den Osttiroler Traditionsverein Rapid Lienz im Sommer 1999 zum FC Tirol. Anfangs wurde er in der Amateurmannschaft eingesetzt. Als im Herbst 1999 bei den Innsbruck Stammspieler reihenweise verletzt ausfielen war für einige junge Kaderspieler die Zeit gekommen ihr Können zu zeigen. Unter Ihnen war auch Bernhard Erkinger, der in der ersten Meistersaison zu vier Einsätzen in der Kampfmannschaft kam. Bernhard kam auch zu Einsätzen im U21-Team Österreichs.
Im großen Kader der Tiroler konnte er sich aber nicht durchsetzen und so zog er nach nur einer Saison weiter zur WSG Wattens und danach zum FC Lustenau. Im Sommer 2004 holte ihn Austria Salzburg, an dessen Stelle dann der FC Red Bull trat. Bei den Bullen war aber nur Platz in der Amateurmannschaft und so wagte der den Schritt ins deutsche Paderborn zum SC 07.
Nach einer Saison bei den deutschen Nachbarn wechselte er zurück nach Österreich zum FC Lustenau und ab 2007 spielte er für den FC Pasching.