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Thomas Eder spielte in seiner Jugend für den SAK und Austria Salzburg. 1997 stand er in der erfolgreichen U16-Nationalmannschaft die in der EM-Endrunde in Deutschland bis ins Finale kam und den Spaniern erst im Elfmeterschießen unterlag.
Bei den Salzburger Violetten schaffte er es dann auch in die Kampfmannschaft und kam 2003 unter Trainer Hans Krankl sogar zu einem Länderspieleinsatz. Beim 0:1 in Tiraspol gegen Moldawien kam er in der 79.Minute für Paul Scharner auf das Feld. Nach der Übernahme der Salzburger Bundesligatruppe durch den Red Bull-Konzern wechselte zum SV Ried. Zwei Jahre spielte er für die Innviertler und holte sich mit Ihnen 2007 die Vizemeisterschaft, konnte sich aber keinen Stammplatz in der Mannschaft sichern.

Im Sommer 2007 kam er zu Wacker Innsbruck. Aber auch hier konnte er sich nicht in der Mannschaft etablieren und sein Vertrag wurde im Frühjahr 2008 aufgelöst. Thomas Eder zog weiter zum SV Grödig und schaffte mit Ihnen 2008 den Aufstieg von der Regionalliga West in die "Erste Liga", im Frühjahr 2009 wurde aber auch der Vertrag mit Grödig aufgelöst. Eine Saison spielte er für BW Linz in der Regionalliga Mitte und übersiedelte im Sommer 2010 zu Union Mondsee.