Als österreichischer Meister mit der U17 Mannschaft kam Thomas Eder Mitte der 80iger zum damaligen Innsbrucker Klub FC Swarovski und verdiente sich in der U21 seine ersten Sporen. Auch in der Kampfmannschaft kam er zu ersten Kurzeinsätzen. Dass es nicht mehr wurden lag zum einem daran, dass die Konkurrenz im Kader zur damaligen Zeit enorm hoch war und zum anderen, dass sich Eder mehrmals verletzte.

Nach seiner Innsbruck Zeit ging Thomas Eder für vier Jahre nach Wattens in die zweite Liga und ein Jahr nach Wörgl, ehe ihn der Ruf aus dem Innviertel ereilte. Klaus Roitinger wollte den Jubilar und in Ried war Thomas Eder einer der Helden des Rieder Fußballwunders. Am 24. Juni 1995 stiegen die Oberösterreicher nach zwei Siegen in den Relegationsspielen gegen den FC Linz in höchste österreichische Liga auf. Nach einem Jahr Fußballoberhaus zog es Eder aus beruflichen Gründen nach Tirol zurück. Dem Fußball blieb er allerdings treu: bis Sommer 2000 spielte er beim Werksverein.
Seit Sommer 2000 ist Thomas Eder beim SV Hall tätig, wo er auch Abschied von seiner aktiven Karriere nahm und auf den Job des sportlichen Leiters übernahm.