Foto: Tivoli12

Bea begann beim spanischen Unterliga-Verein Amorebieta und wechselte 2001 zu Amurrio. Nach einem Jahr wurde der Segunda-B-Verein Murcia auf ihn aufmerksam und holte ihn 2003 zum Klub. Mit Murcia stieg er in die Segunda-A-Liga auf. Da er es nicht zum Stammpersonal schaffte wechselte er 2004 zu Lorca Deportiva, einem Drittligisten. In der Saison 2004/05 wurde er auch mit Lorca Meister und war somit wieder in der zweiten spanischen Liga angelangt.
2006 verpflichtete Real Valladolid den Abwehrspieler und gleich in der ersten Saison bei Valladolid gelang der Aufsteig in die Primera Division. Die Konkurrenz in der Abwehr wurde aber größer und so musste Inaki Bea des öfteren mit der Bank vorlieb nehmen. 2009 übersiedelte er wieder nach Murcia, aber diesmal zu Real. Real Murcia musste aber 2010 aus der zweiten Liga absteigen und Bea war daher kostenlos frei.
Ideale Voraussetzungen für ein Engagement beim FC Wacker Innsbruck. Die Innsbrucker waren nach dem Aufstieg im Sommer 2010 nach einem routinierten Innenverteidiger und holten den Spanier an den Inn. Bei den Schwarz-Grünen entwickelte er sich schnell zum Stammspieler und hatte vor allem im ersten Jahr eine starke Saison. Im Verlauf der zweiten Saison hatte der Spanier aber einige schlechte Momente und als er sich auch mit Zuschauern anlegte musste die Vereinsführung eingreifen. Es stellte sich heraus, dass Inaki Bea aufgrund eines Todes eines guten Freundes psychische Probleme hatte und er bat den Verein um eine Auszeit für den Rest der Herbstsaison. Im Frühjahr kam er wieder in die Stammelf zurück, aber die Souveränität seines Spiels wie am Anfang seiner Zeit in Innsbruck erreichte er nicht mehr.
Im Sommer 2012 wechselte er zu Kickers Pforzheim in Niederungen der deutschen Unterliga wo er dann seine Karriere beendete und anschließend als Spielerberater arbeitete.