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Wolfgang Auer stammt aus Schwaz. 1976 wechselte er zur SSW Innsbruck, wo er vorerst in der U21 spielte. Wolfgang Auer hatte es schwer bei den Schwarz-Grünen, die Konkurrenz war dementsprechend groß und so kam er vorerst zu keinem Einsatz in der Bundesliga.
1977 wechselte er leihweise zur SW Bregenz in die 2.Division. Im Herbst 1978 war er wieder im Innsbrucker Kader. Die ersten beiden Meisterschaftsspiele bestritt er über die volle Distanz ansonsten wurde er noch zweimal eingewechselt. Wacker Innsbruck steckte bereits im Herbst im Abstiegskampf und Wolfgang Auer wurde an Austria Salzburg verliehen. Mit den Mozartstädtern wurde er Meister in der 2.Divison.
Nach dem Abstieg holte ihn Wacker Innsbruck in den Kader zurück blieb aber wieder ohne Einsatz und wurde auf Vereinssuche geschickt. Frustriert beendete er seine Karriere.