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Mit 16 Jahren bestritt er unter Trainer Peter Koncilia sein erstes Spiel für die Kampfmannschaft seines Heimatvereins SV Volders. 1976 zur SSW Innsbruck wo er hinter den Innenverteidigern Pezzey und Constantini, die Nummer 3 war. Vorerst kam Auer Robert in der Unter-21 zum Einsatz wuchs ab 1978 aber in die Stammelf, wo er den Abgang von Bruno Pezzey kompensieren musste.

Den Innsbruckern blieb er bis 1987 treu und erlebte dabei bittere Enttäuschungen wie den Abstieg 1979 und große Triumphe mit. So u.a. den Meistertitel in der 2. Division 1981 und das Erreichen des Europacup-Semifinales 1987 mit Swarovski Tirol. Jahrelang war er auch Kapitän der Innsbrucker Mannschaft.
Nach einem Kurzgastspiel bei Austria Salzburg, war er zwei Jahre lang beim FC Kufstein tätig, ehe er wieder zu den Schwarz-Grünen zurückfand.

Im Sommer 1990 kam er zum FC Wacker (Amateure) mit denen er von der Tiroler Liga über die Regionalliga Tirol und die Regionalliga West aufstieg. Nachdem Präsident Fritz Schwab aufgrund der Unzufriedenheit mit der Innsbrucker Sportplatzsituation einen Sparkurs verordnete erlangte die von Spielertrainer Robert Auer gelenkte „Juniorentruppe“ traurige Berühmtheit in der Westliga.
In der Saison 1996/97 setzte es ein Debakel nach dem anderen von 30 Spielen wurden 27 verloren, Torverhältnis 16:160. Robert hielt das Jahr durch und wechselte anschließend als Trainer nach Absam und holte auf Anhieb den Meistertitel in der Gebietsliga West.