Markus kickte bereits im Alter von fünf Jahren beim KSV Helmersheim. Mit 15 wechselte er zu Bayer Leverkusen in die Jugendmannschaft wo er es bis in den Kader der Amateurmannschaft schaffte. Da es aber zu der Zeit schwer war bei der Zweier-Mannschaft der Leverkusener zum Zug zu kommen, wechselte er zum Kooperationsverein Borussia Dormagen, wo er regelmäßig in der Kampfmannschaft spielte. Nach zwei Jahren wechselte er zurück zu den Bayer Amateuren, konnte aber dort nicht Fuß fassen.
Im Sommer 1995 zog er daher weiter zum Bundesliga-Aufsteiger Fortuna Düsseldorf, nach den ersten Einsätzen bei den dortigen Amateuren holte ihn Trainer Ristic zu den Profis. Markus Anfang erkämpfte sich bei Fortuna einen Stammplatz und kam zu 37 Ligaeinsätzen. Im zweiten Jahr musste Fortuna Düsseldorf aber wieder absteigen. Sein Kontrakt galt nur für die Bundesliga und daher war er ablösfrei zu haben. Er entschied sich für das Angebot des aktuellen UEFA-Cup-Siegers Schalke 04. Bei den Gelsenkirchener kam war er im erweiterten Kader, kam aber nur zu 3 Bundesligaspielen.
1998 holten ihn Trainer Cipro und Sportdirektor Flindt nach Innsbruck zum FC Tirol. Nach den wenigen Einsätzen zuletzt bei der Abstiegssaison in Düsseldorf und dann bei Schalke, hatte Markus auch noch mit Umstellungsproblemen zu kämpfen, der Föhn war gewöhnungsdürftig und erst der Winter, solche Winter hatte Markus im Ruhrgebiet noch nicht erlebt. Trotzdem schaffte er es auf Anhieb zum Stammspieler und feierte mit dem FC Tirol insgesamt 3 Meistertitel
Nach dem Konkurs wechselte er zum 1.FC Kaiserslautern in die deutsche Bundesliga, anschließend spielte er noch bei Energie Cottbus, MSV Duisburg sowie neuerlich bei Fortuna Düsseldorf.  Im Herbst 2008 wurde er nochmals nach Innsbruck zum FC Wacker Innsbruck geholt. Er sprang dort kurzfristig ein, da die Verletztenliste der Schwarz-Grünen immer länger wurde. Markus konnte aber nicht die erhofften Akzente mehr setzen und das Kurzgastspiel wurde im Winter nicht verlängert.