Markus Aichner kam über den ISK und das BNZ Tirol zum FC Tirol Innsbruck. 1995 wurde er mit dem BNZ-U15 österreichischer U16-Meister. Vorwiegend musste er mit Einsätzen in der Amateurmannschaft vorlieb nehmen, im Herbst 1997 kam er aber zu einigen Kurzeinsätzen in der Bundesliga.
Nachdem er sich beim FC Tirol nicht durchsetzen konnte wechselte er zum Zweitligisten WSG Wattens. Mit Wattens musste er 2001 in die Westliga absteigen. Nachdem Vizemeistertitel 2002 verließ er Wattens  und spielte dann noch einige Jahre bei diversen Vereinen in Innsbruck und Umgebung.