Ab dieser Saison wurde, um den Bewerb aufzuwerten, nach den Gruppenspielen K.O.-Runden eingeführt, deren Endphase bereits in die Qualifikationsrunden des UEFA-Cup eingegliedert werden sollten.
Auf Malta bei Floriana La Valetta der Führungstreffer durch Streiter aus einem Elfmeter in der 9.Minute, Cerny ließ in der 27.Minute das zweite Tor folgen, kurz darauf war Kirchler zum 3:0 erfolgreich. Lange keine Höhepunkte in der zweiten Halbzeit, erst in der 90.Minute der vierte Treffer durch Roland Kirchler.

Am Tivoli gegen Hapoel Petah Tikva aus Israel ein 2:0-Sieg, wieder war Streiter aus einem Elfmeter erfolgreich. In Halbzeit 2 scorte Harald Cerny. Das Spiel war das Debüt des neuen Trainers Didi Constantini, Neuzugang Andi Schiener sah in der 67.Minute die gelb-rote Karte.
Im Straßburger Meinaustadion hatten die Tiroler keine Chance. Mit 0:4 ging man sang- und klanglos unter.
Gegen den türkischen Verein Gencler Birligi Ankara herrschte am Tivoli "Auswärts-Atmosphäre", von den 5000 Zuschauern war die Mehrheit türkisch stämmig. Nach einer halben Stunde brachte die Innsbrucker ein Eigentor in Führung. Kurz darauf erhöhte Schiener auf 2:0, mit dem Pausenpfiff gelang Özdemir der Anschlusstreffer. Gleich nach Seitenwechsel war es Kitzbichler der den alten Abstand wieder herstellte. Das zweite Tor von Özdemir brachte die Innsbrucker in der Schlussphase noch einmal in Bedrängnis. Mit dem 3:2-Sieg erreichte der FC Tirol den zweiten Gruppenplatz und stieg somit in die Finale KO-Phase auf.

Im UI-Cup-Achtelfinale führte der Weg nach Köln. Bei hohen Temperaturen zunächst eher Schlafwagenfußball, Cerny nützte in Minute 23 einen Schnitzer der Kölner Verteidigung zum überraschenden Führungstreffer. Nach einigen Tiroler Chancen erhielt der Kölner Keeper die Rote Karte wegen Handspiels außerhalb des Strafraums. Munteanu gelang in der 34.Minute der Ausgleich, aber eine Minute vor Ende der ersten Halbzeit war es wieder Cerny der die Innsbrucker abermals in Führung schoss.
In der zweiten Halbzeit gelang Cerny dann noch sein drittes Tor, er überhob den Ersatz-Torhüter der Kölner zum 3:1.

Vier Tage später im Viertelfinale empfing man am Tivoli wieder einen deutschen Verein: Bayer Leverkusen. 24.Minute 0:1 durch Hubner, aus einem Elfmeter gelang Streiter in der 31.Minute der Ausgleich. Nach der Pause wieder die Führung für Leverkusen durch Völler (50.). Michael Baur war es der die Innsbrucker in der 84.Minute ins Elfmeterschießen brachte, im UI-Cup wurde keine Verlängerung gespielt.
Den Elferkrimi eröffnete Cerny, Sergio vergab, da alle anderen Schützen trafen, siegten die Tiroler mit 5:3 und waren daher im Semifinale und somit in der Vorrunde des UEFA-Cups angelangt.

Vor 8.300 Zuschauern empfing man am Tivoli wieder den Gegner aus den Gruppenspielen, Racing Straßburg. Die Franzosen gehen in Minute 26 in Führung, das war auch der Pausenstand. Als Schiener in der 64.Minute ausgleicht zeigen die Tiroler in der Folge ein sehenswertes Spiel und wenn man diese Leistung in der letzten halben Stunde in Straßburg abrufen kann, dann sind die Aufstiegschancen noch intakt.
Auch in Straßburg gerät der FC Tirol in Rückstand, Torschütze Sauzee. Nach der Pause der Ausgleich durch Kirchler (51.), dem postwendend das 1:2, wieder durch Sauzee, folgte. Danach gings Schlag auf Schlag - 1:6.