Die Damenmannschaft wurde 1979 von Gabi Reiter gegründet, tatkräftig unterstützt von ihrem Vater und seiner Firma Möbel-Haus-Reiter. Vorerst trat man unter dem Namen FC Möbel-Reiter an.
Im Frühjahr 1982 wurde die Mannschaft dann offiziell unter dem Namen "FC Wacker Innsbruck" beim ÖFB angemeldet.
1981/82 nahmen die Wacker-Damen erstmals am ÖFB-Cup teil. Da aus regionalen und finanziellen Gründen eine Teilnahme an der österreichischen Frauenmeisterschaft nicht möglich war, nahm man die Chance wahr ab 1983 im benachbarten Bayern außer Konkurrenz in der Bezirksliga Oberbayern mitzuspielen.
1985 und 1986 konnte Wacker Innsbruck in einer inoffiziellen Wertung die Bayernliga gewinnen und holte sich als Draufgabe auch noch den ÖFB-Pokal.

Am 22. Mai 1986 wurde der FC Wacker Innsbruck-Mittenwald gegründet um auch offiziell in Bayern an der Meisterschaft teilnehmen zu können. Statt im ÖFB-Pokal hatte man nun im Rahmen des DFB-Cups anzutreten. Zum Neustart mussten die schwarz-grünen Damen eine Klasse tiefer in die A-Klasse, welche sie auf Anhieb gewinnen konnten und somit 1987 in die Bezirksliga Oberbayern zurückkehrten.
Zunehmend wurden aber - durch mangelnde Unterstützung des Vereins und fehlender Sponsoren - auch die Reisen in Oberbayern zur Belastung. Im Verlauf der Meisterschaft 1988/89 schied die Mannschaft aus dem Bewerb aus und wurde in weiterer Folge aufgelöst.