Etwas überraschend entschied sich der Wacker-Vorstand nach dem erfolgreichen Klassenerhalt, statt in der Tiroler Liga weiterzuspielen, für einen Neubeginn in der 2.Klasse Mitte. Verbunden dadurch war natürlich ein nahezu kompletter Austausch des Kaders, aber dies war ja seit 1996 ohnehin jährlich üblich geworden. 1996 wechselte man die "satten Stars" gegen die Juniorenmannschaft aus, 1997 holte man statt den Junioren vorwiegend arrivierte Spieler aus den Landes- bzw. Gebietsligen, nachdem die schon beschlossene Spielgemeinschaft Wacker/SVI gescheitert war.
Wacker Innsbruck versuchte den Neubeginn - wie schon 1986 - mit einer verstärkten Juniorenmannschaft.

In der ersten Runde gewann Wacker gegen Grinzens mit 4:3. Zwei Tore erzielte Old-Boy Alois Heissenberger. Auch beim 1:1 in Hall gegen die zweite Mannschaft des Regionalligisten scorte Heissenberger. Im Derby gegen Veldidena Innsbruck blieb der FC Wacker mit 3:2 siegreich. Nach Siegen gegen Sautens 4:0 und Gnadenwald 5:3 kristallisierte sich Wacker Innsbruck als erster Verfolger von Tabellenführer Tulfes heraus.
Nachdem sowohl Wacker (gegen Scharnitz) als auch Tulfes (bei Schmirn) mit 5:1 siegreich blieben, fieberte man dem direkten Duell in Tulfes entgegen. Um noch im Titelrennen zu bleiben musste Wacker zumindest ein Unentschieden erreichen. Wacker ging in Tulfes jeweils mit 1:0 bzw. 2:1 in Führung, erhielt aber beide Male im Gegenstoß den Ausgleich - Endstand 2:2.
Wacker wurde 2. der Herbstsaison, 4 Punkte hinter Tulfes und 4 Punkte vor Reichenau II.