Wacker Innsbruck-Präsident Fritz Schwab setzte nach der verkorksten abgelaufenen Frühjahrssaison und aufgrund der noch immer nicht verbesserten Trainingsbedingungen, den "Rotstift" an. Vom Stamm des Vorjahres blieben lediglich Robert Auer, der fortan als Spielertrainer tätig war, Torhüter Kili , sowie Schober und Zarif übrig. Die anderen Spieler flüchteten zu besser zahlenden Vereinen.
Wacker füllte den Kader nur mit eigenen Juniorenspielern auf. Der "Neubeginn" ähnelt dem von 1986, nur das man damals mit den Junioren in der 2.Klasse Mitte um den Aufstieg spielte. Diesmal ging es allerdings gegen gestandene Westliga-Teams. Das Ziel konnte daher nur Klassenerhalt heißen.

In der ersten Meisterschaftsrunde kam Wacker Innsbruck schwer unter die Räder: 0:9 bei Wörgl. Diese Niederlage war aber nur Auftakt einer schwarzen Serie dessen Höhepunkte vorerst jeweils 0:10-Niederlagen beim FC Puch und bei Kundl waren. Nach 9 Spielen, 0 Punkte und 0:52 Tore!!! Bereits jetzt war klar, dass der Abstieg dieses Jahr wohl kaum verhindert werden kann.
Im zehnten Spiel ging der VfB Hohenems programmgemäß mit 0:1 in Innsbruck in Führung, durch ein Eigentor von Glavas (16.). Als Robert Auer in der 65.Minute der Ausgleich gelang wachten die Wacker-Youngsters plötzlich auf und spielten Hohenems an die Wand. 2:1 durch Kartufan und schließlich 3:1 durch Weinzierl. Endlich Tore und sogar 3 Punkte!!!

Doch bereits im nächsten Spiel setzte es die bisher höchste Niederlage: 0:16 (?!) bei den Amateuren von Austria Salzburg, durch eine Bundesligapause auch mit Kaderspielern verstärkt. Trotzdem gelangen im Herbst noch Tore (4:5 gegen Rum) und sogar ein Punktegewinn (1:1 gegen den Salzburger AK).

Im Frühjahr gab es schon bekannte Ergebnisse: 0:8 gegen Wörgl und 0:5 bei Altach. Gegen die Amateure des FC Tirol gelang Wacker schließlich doch ein 2:2, wobei Glavas und Kartufan ein schon verloren geglaubtes Spiel in den letzten 10 Minuten noch herausrissen. Wacker musste im Frühjahr auf etliche Spieler, die zum Bundesheer eingezogen wurden verzichten, sodass sogar Co-Trainer Nagele einspringen musste.
Die letzten Hoffnungen auf den Klassenerhalt schwanden nach dem 1:5 gegen den FC Zell am See. Neun Runden vor Schluss hatte Wacker nun schon zehn Punkte Rückstand auf den rettenden 14.Platz, wobei der ESV Saalfelden aber auch noch 3 Spiele nachzutragen hatte.
Traurige Höhepunkte des Frühjahres waren ein 0:10 bei Hall sowie jeweils 0:7-Niederlagen gegen die Austria Salzburg Amateure und beim Salzburger AK.

Die Planungen für die Tiroler Liga hatten aber ohnehin schon begonnen. Zudem beschloss der ÖFB die 2.Division von 16 auf 10 Vereine zu verkürzen. Wodurch im nächsten Jahr mehr Vereine als geplant aus der Westliga absteigen werden müssen und der Aufstieg in die 2.Division für die jeweiligen Regionalliga-Meister erst durch weitere Relegationsspiele nur erschwert möglich sein wird.

In der Jahreshauptversammlung am 20.5.1997 legte Präsident Schwab, der seit 1987 die Geschicke des Vereines führte, sein Amt aufgrund der Missstände am Sportplatz in der Wiesengasse zurück. Da aber die Verhandlungen mit dem SV Innsbruck wegen einer Spielgemeinschaft in der Tiroler Liga schließlich scheiterten, machte der Präsident einen "Rückzieher" und stellte sich dem FC Wacker Innsbruck wieder als Präsident zur Verfügung.