Im Verlauf der Sechziger Jahre gab es bereits Versuche die zweite Mannschaft in den normalen Kampfmannschaftsbetrieb einzugliedern.
Anfangs spielte die zweite Mannschaft in der Reserveklasse Innsbruck, 1964/65 spielte FCW II außer Konkurrenz im Meisterschaftsbetrieb der Tiroler Landesliga. Versuche die zweite Mannschaft in dieser Liga weiterspielen zu lassen scheiterten aber. (siehe Auszug Wacker-Kurier)

1967/68 wurde die Mannschaft in die 2. Klasse Ost eingegliedert wo auf Anhieb der Meistertitel und der Aufstieg in die 1. Klasse Ost gelangt. Dort wurde man aber nur Vorletzter und das Experiment wurde wieder verworfen. 1969/70 gab es eine Fünfer-Liga der Reserven der Tiroler Nationalliga und Regionalliga-Vereine.

Auszug aus einem Wacker-Kurier im Frühjahr 1967